农民问题是“三农”问题的核心,而农民权益保护是农民问题的关键。农地流转已然成为农村农业发展的趋势,通过流转实现农业现代化,规模化经营,也是实现农业强国的可行之路。然而由于市场、政策、制度等的不完善、不健全,导致农地流转中农民权益受损的现象频频发生,部分地区引发的农地纠纷至今未解决。农地流转中农民权益不断受到损害,研究其损害的根源、途径、解决办法具有重要的意义。本研究从农地流转及农民权益的内涵出发,建立分析框架,分析农地流转中农民权益受损的表现、原因。并根据研究内容设计调研问卷,通过实地调研了解当前农村农地流转的现状,农地流转中农民权益受损的原因。根据调研数据,借助Probit模型进行回归分析,以及利用典型的受损案例深入地分析农地流转中农民权益受损的原因。研究结果表明:一是农地流转率越高、流转期限越长,导致农民权益受到损害可能性加强;农地流转过程未计算田坎面积、农民不自愿的情况下流转农地,导致其权益受到损害;二是农地流转中农民自我保护意志不强也是导致其权益易受到损害的因素;三是制度不完善、市场不健全导致农地流转市场混乱,农民权益缺乏保障机制。最后,从健全农村土地制度、完善农地流转市场,建立完整的农地流转机制、加强流转平台的监督机制、建立基础政府部门监督机制,规范基础政府行为、健全农村社会保障制度、医疗保障制度、养老制度等层面给出政策建议,为今后关于农地流转中农民权益保护研究提供参考。