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施氏鲟（Acipenser schrenckii）属鲟科，目前世界上的鲟科鱼类共28种。施氏鲟生活在我国黑龙江和俄罗斯境内，是我国最具经济价值的珍稀鱼类，具有病害少，寿命长，生长快等优点。近年来成为养殖的重要对象，并且在我国渔业生产中占有一定地位。本研究利用454测序法开发施氏鲟微卫星标记，共设计了127个微卫星引标记并将其应用于如下研究：分析施氏鲟性别间差异；西伯利亚鲟和小体鲟通用性研究；鉴别达氏鳇、施氏鲟及其杂交鲟的研究。获得研究结果如下：1.共开发127个微卫星标记，30个检测个体。其中，25个微卫星标记扩增出清晰多态性良好的条带，35个成功扩增的产物为单态，67个标记扩增效果不好甚至无扩增产物。2.发现6个微卫星标记中有9个等位基因在雌、雄群体中分布比例差异达到50%以上，其中， HLJSX194-239bp， HLJSX201-207bp， HLJSX209-210bp， HLJSX210-178bp，HLJSX215-221bp5个等位基因频率雌性群体显著高于雄性群体；HLJSX194-184bp，HLJSX201-214bp，HLJSX210-233bp，HLJSX226-194bp4个等位基因频率雄性群体显著高于雌性群体。3.微卫星标记在西伯利亚鲟和小体鲟中的通用性分别达68.75%和65.63%，统计结果表明西伯利亚鲟群体的等位基因数和观测杂合度水平都高于小体鲟群体，可充分利用这些位点对该鲟科鱼类的遗传多样性进行研究，同时可以节省开发西伯利亚鲟和小体鲟微卫星标记的成本。4.发现有5个特异性标记能够有效鉴别出施氏鲟、达氏鳇及其杂交子代。其中，HLJSX226，HLJSX329，HLJSX332，HLJSX3504个标记可以有效鉴别部分施氏鲟和达氏鳇，HLJSX350扩增出可以明显地分辨出父母本种群的特有条带，从而可以确定杂交子代的杂种身份。