本文系统的论述了微生物遗传多样性的研究内容及研究方法，比较了各种技术方法的在微生物遗传多样性研究及分子分类中定种的作用和意义。　　 通过对及链孢囊菌属（Streptosporangium）、拟诺卡氏菌属（Nocardiopsis）的模式菌株的遗传多样性研究结果，与DNA-DNA体外分子杂交的结果相对照，探讨了16S-23SrDNAITS限制性片断长度多态性（RFLP）及rep-PCR等分子分类方法对于放线菌种分类单元及种内菌株间分类鉴定的作用。　　 通过对19株未知放线菌进行16SrDNA全序列分析及DNA-DNA体外分子杂交研究，发现Y70016-Y70019属于链孢囊菌属，可区分为三个种：其中Y70017与Y70019为不同于其他模式菌株的同一新种，Y70018也为链孢囊菌属中的一新种，Y70016则与StreptosporangiumalbumJCM3025T为同一种；其余15株未知菌属于拟诺卡氏菌属。　　 对于拟诺卡氏菌属的13株实验菌株与其相应的模式菌株进行了DNA-DNA体外分子杂交，最终结果表明：10063、20027、20028及20029分别为拟诺卡氏菌属中的不同的新种；20031与20038、20032与20033、20036与20037、20041与20052分别为区别于其他拟诺卡氏菌属模式菌株的4个不同的新种；菌株20039与NocardiopsisprasinaJCM3336T为同一个种。　　 在温度梯度凝胶电泳（TGGE）的研究中，摸索出了最佳实验条件，并在此条件下对各实验菌株进行了16S-23SrDNAITSPCR-TGGE研究。　　 分别选用Fnu4HI和MnlI两种限制性内切酶对实验菌株的16S-23SrDNAITSPCR产物酶切，发现其酶切产物既有属内的共性特征带谱，又表现出种间及种内的异质性。在rep-PCR研究中，采用不同的最佳退火温度，得到了能充分体现链孢囊属和拟诺卡氏菌属菌株间遗传多样性差异的DNA图谱。　　 通过对DNA-DNA体外分子杂交、16S-23SrDNAITSPCR-RFLP及rep-PCR三种分子分类方法的分析比较，得出了基本一致的实验结果，初步确立了16S-23SrDNAITSPCR-RFLP及rep-PCR这两种用于放线菌种间及种内菌株分类鉴定的分子分类指征。