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准噶尔盆地位于新疆北部,是中国的第二大内陆盆地。该盆地特殊的地理位置,独特的气候条件和多样的生态环境孕育和形成了独特的荒漠植被类群,但病原真菌的侵染和危害影响了这些荒漠植物的正常生长和发育,进而对该区域的脆弱的生态系统造成了不利影响。作为一个种类繁多且难区分的类群,壳针孢属及其近似属在我国新疆地区的研究主要集中在形态学方面,而在分子系统学方面的研究极少。本研究以荒漠植物上的壳针孢属及其近似属为研究对象,在新疆准噶尔盆地进行了广泛的标本采集和分离,共采到93份病害标本,分离得到93个菌株,结合保存于塔里木大学菌物标本馆(HMUT)的17个菌株,共计110个菌株。联合LSU、ITS和RPB2三个片段采用贝叶斯法和最大似然法对这些菌株各个属的代表种结合Gen Bank中的相关属进行属级系统发育分析,以明确该地区壳针孢属及其近似属的属级分类单元之间的系统学关系;联合LSU、ITS、RPB2、EF、Tub、ACT和CAL七个片段采用贝叶斯法和最大似然法对壳针孢属和亚球壳孢属进行种级系统发育分析,为壳针孢属的系统演化及进化研究提供分子依据,主要研究结果如下:通过对准噶尔盆地壳针孢属及其近似属的110个自测菌株进行培养性状的研究和联合三个片段进行的分子系统学研究,阐明了该地区的110个自测菌株隶属于3个科:囊膜菌科Saccotheciaceae、座囊菌科Dothideaceae和球腔菌科Mycosphaerellaceae。其中囊膜菌科中包含一个属Pseudoseptoria;座囊菌科中包含一个属Dothiora;球腔菌科中包含11个已知属:Ramularia、Leptothyrium、Parasphaerulina、Pseudocercospora、Sphaerulina、Neoseptoria、Caryophylloseptoria、Cercospora、Septoria、Apseudocercosporella和Neopseudocercosporella以及6个潜在的属级分类单元:Clade 11、Clade 14、Clade 44、Clade 48、Clade 51和Clade 60。本研究证实了一新属Parasphaerulina B.Xu,S.H.Zhang&Z.D.Jiang,两个新种Neoseptoria tienshanensis B.Xu&Z.D.Jiang和Parasphaerulina alhagicola B.Xu,S.H.Zhang&Z.D.Jiang以及两个新组合Parasph.caraganae(Hennings)B.Xu,S.H.Zhang&Z.D.Jiang和Parasph.thermopsidis(Murashk)B.Xu,S.H.Zhang&Z.D.Jiang。联合7个片段进行的分子系统学研究,明确了准噶尔盆地荒漠植物上的壳针孢属16个种、亚球壳孢属4个种在系统学中的地位。