从知识经济到自主创新、从科教兴国到创新型国家建设，创新无疑已成为推动一国或一地区经济发展的核心力量。随着改革开放的不断深入，产业创新能力薄弱的现状已经成为制约我国经济长期可持续发展发展的一大障碍。新世纪以来，我国明确提出建设创新型国家、实施自主创新的重大战略，产业创新能力的培育已经成为我国产业发展的重要内容。　　部门创新体系是在国家创新体系和区域创新体系概念基础上提出来的，它为研究产业创新提供了一个新框架。本文在对部门创新体系进行深入考察的基础上，将其应用于制药业研究，论文首先在分析全球制药业创新活动的历史演化规律和发展趋势基础上，系统地总结了发达国家制药业部门创新体系建设的历史经验和教训;其次通过以中国和印度对比为例，集中探讨发展中国家自主创新的出路;最后在以上研究基础上，结合我国当前制药业自主创新和“重大新药创制”实施现状，对我国制药业部门创新体系建设进行战略性思考，并提出了相应的政策建议。整体上，本文主要采用“比较—历史”的研究方法。论文的研究目的在于探索制药业部门创新体系演化和发展的客观规律，从而为我国制药业自主创新建设，尤其是“重大新药创制”工程的实施提供经验借鉴和政策指导。本文认为，作为创新研究的前沿进展，部门创新体系为人们进行产业自主创新研究提供了一个独特的分析视角和切入点，它也引领着产业经济学的未来发展方向;制药业作为一个代表性高技术产业，部门创新体系研究有利于人们把握制药业的发展规律;部门创新体系建设的成功与否，是影响一国制药业盛衰演化的关键性因素，加强自主创新、培育以企业为创新主体以及重视政府的引导作用是人们在考察百年世界制药业历史之后总结出来的基本经验;在制药业自主创新以及“重大新药创制”的实现过程中，我国必须重视部门创新体系建设。　　论文包括六章和结束语。第一章导论部分主要对论文的选题背景、研究目的和意义，相关的理论背景以及研究方法和论文结构安排进行简要的阐述。第二章论文就部门创新体系分析框架及其前沿问题展开研究。本章首先讨论了部门创新体系的概念起源、动态发展和分析框架，然后对目前部门创新体系研究中存在缺陷进行剖析，最后结合演化产业经济学的背景探讨了部门创新体系的前沿问题。第三章基于部门创新体系视角，考察制药业创新体系的演变过程，以及制药业的创新特点，并分析了全球制药业部门创新体系发展趋势。第四章重点考察当今制药强国是如何走上发达之路的，以德国、美国和英国为代表的发达国家制药业发展历史为例，深入发掘这些国家制药业发展的盛衰与部门创新体系之间的内在联系，从中总结出可供我国借鉴的国外先进国家制药业创新体系建设的经验。第五章则以中国和印度两个发展中国家为例，研究后发国家在制药业发展方面的经验和面临的挑战，比较和分析中印两国制药业发展的区别和联系，重点从历史和案例的角度考察知识产权保护与发展中国家制药业创新体系建设的关系等问题。第六章基于我国的国情，在以上国内外制药业发展经验基础上，讨论我国制药业创新体系建设的战略和政策选择，论文主要从框架建设、政府管理和知识产权等方面提出了相应的政策建议。　　论文的创新之处主要有以下几点:　　第一，论文从演化经济学的角度，对新近发展起来的部门创新体系分析框架进行系统的研究。论文对部门创新体系的前沿问题进行了梳理，重点探索了部门创新体系与产业经济学的联系，提出以正在兴起中的演化经济学为基础，创建演化产业经济学的重大任务。论文尝试将部门创新体系与经济史相结合，总结了以美国和德国、日本和东亚地区为代表的部门创新体系建设的经验，弥补了对部门创新体系现状研究中缺乏历史维度的不足。　　第二，基于部门创新体系框架，从全球和历史的角度对制药业整体发展尤其是发达国家的经验教训进行系统总结。论文重点思考了以下几个问题:现代制药业为何诞生于德国，而不是英国或别的国家？美国又是如何抓住两次世界大战的机遇实现制药业“后来居上”的？……论文从部门创新体系视角对这些问题都进行了思考和解答，这对当前我国正在实施的制药业自主创新与“重大新药创制”工程具有很好的借鉴作用。　　第三，对印度和我国制药业部门创新体系历史演化和发展现状进行了系统比较，总结了“印度模式”对我国制药业自主创新可供借鉴之处。论文研究发现了我国制药业存在的“研发投入逆反”现象，即在以美国为代表的发达国家，制药业研发投入在所有高技术产业部门中处于较高水平，而目前在我国制药业研发投入水平在所有高技术产业部门中处于较低水平的悖逆现象，并从制度等方面对其成因进行了解释。论文从历史的角度对知识产权与后发国家自主创新关系进行了深入研究，研究结果表明:知识产权保护与后发国家产业发展之间并非通常所认为的单向联系，主要发达国家从经济崛起过程中普遍存在着知识产权保护“踢掉梯子”现象，每个国家都应该结合自己的国情制订相应的知识产权保护策略。