本文通过文献资料分析国内外医院效率评价主要方法，深入调研忠县公立医院综合改革情况，了解改革内容及实施情况，对试点医院的基本情况、运行情况进行分析，并采用数据包络法（DEA）重点分析了试点医院的运行效率，以反映改革对县级公立医院带来的影响，反思其改革过程中的困境，探讨解决之道，并从中吸取经验教训，为改革的继续推进和政策完善提供参考依据。通过研究发现，从试点医院实行县级公立医院综合改革试点以来，取得了一定的政策效果，但是，也有些政策并未落实：还没有对医疗服务价格进行调整；医院目前不具备用人自主权，院长并没有实行竞争性选拔和聘任制度；远程会诊网络还未建立等；在试点医院经济运行方面，资源投入相比往年有所增长，医务服务供给逐年增长，收支结余率下降，其中医疗业务收入、基本财政补助收入、药品收入都呈增长趋势，成本支出上升幅度要超过收入；此外，由医院运行效率来看，相对于综合改革之前有所提高，但变化不显著，其中静态效率，中医院总体效率高于人民医院，而动态效率，人民医院全要素生产率仅在改革之后的2014-2015年阶段出现了正增长，其余时间段皆为负增长；中医院的全要素生产率全为负增长，但是在改革之后，其负增长趋势得以缓和。通过定性和定量分析不难看出试点县人民医院和中医院在基本投入方面均有不同程度的增长，但人力资源总量仍然偏低，绩效考核制度缺乏顶层设计；试点医院公益性得以体现，然而收支结构仍需进一步优化；患者用药负担减轻，但总的医疗负担仍然较重；另外，综合改革后试点医院的运行效率上下波动，未见显长。针对上述问题，应不断完善政府投入机制，保障公益性落实；并健全人事薪酬制度，提高人力资源质量；通过调整医疗服务价格，优化收入结构；进一步加强医院精细化管理，提高运行效率；以期充分体现综合改革之实效。