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γ-氨基丁酸(Gamma-AminobutyricAcid,GABA)是天然存在的一种非蛋白质氨基酸,具有许多重要的生理学功能,是动植物体内主要的生物活性分子。由于乳酸菌(Lacticacidbacteria,LAB)被认为是安全的且有较高的GABA生产能力,近年来许多研究都集中于用LAB作为细胞工厂生产GABA。本课题组前期筛选到一株高产GABA的短乳杆菌CD0817,了解该菌株的基因表达模式将有助于研究其对不同培养条件(如Mn2+胁迫)的适应性。然而,在短乳杆菌基因规范化表达研究中,对于筛选合适内参基因的研究却很少。基于此,本论文在不同胁迫条件下筛选出了合适的内参基因;此外,由于筛选内参基因的需要,本文还建立了一种新型且实用的GABA定量方法。主要结果如下。
(1)建立了一种新型且高效的GABA定量分析方法。由于谷氨酸与GABA之间存在相互作用且该作用严重阻碍了两种化合物的分离。因此,我们提出了醋酸锌辅助差异沉淀/溶解(ZA-DPD)策略,通过逐步回收GABA以除去发酵液中的干扰物谷氨酸,这主要归因于两种重要试剂(谷氨酸沉淀试剂和谷氨酸排斥试剂)的使用。在每次沉淀过程中,谷氨酸沉淀试剂保证大部分GABA仍可溶,仅少量GABA与谷氨酸共沉淀;在耦合的溶解过程中,共沉淀的GABA完全溶出,仅少量(水为溶解剂)或无(谷氨酸排斥试剂为溶解剂)谷氨酸共溶出,这一过程重复两次,直到完全去除谷氨酸盐。
随后建立了ZA-DPD—比色法定量GABA。该方法是将25μL的醋酸钠缓冲液(pH5.8)加入到已去除谷氨酸的GABA发酵液样品(2mL)中并混匀,然后加入0.2mL的茚三酮显色剂并混匀,随后放于水浴锅中50℃显色50min;之后测定吸光值,对样品中的GABA进行定量。该方法或许有助于与GABA或谷氨酸相关领域的研究。
(2)为了准确可靠的进行基因表达分析,有必要使用一个或多个合适的内参基因对基因表达数据进行标准化。本实验中,我们采用geNorm、NormFinder、BestKeeper三种统计方法,对不同培养条件、不同生长阶段的10个候选基因(FUSA[translationelongationfactorG],16srRNA,HSP60[ChaperoninGroEL],LDHD[D-lactatedehydrogenase],PYRG[CTPsynthase],RPOC[pyrroline-5-carboxylatereductase],RECA[RecA/RadArecombinase],PHES[Phenylalanine--tRNAligasealphasubunit],GAPDH[Glyceraldehyde-3-phosphatedehydrogenase],TUF[ElongationfactorTu])的表达水平和稳定性进行评估,以筛选出合适的内参基因。结果表明,在全部样本中,最佳的内参基因为RECA,其次是TUF和PHES;在Mn2+胁迫条件下,最佳的内参基因为RECA,其次是LDHD和TUF;在谷氨酸胁迫条件下,最佳的内参基因为TUF,其次是PHES和RECA。本实验将为进一步研究CD0817等乳酸菌(LAB)在锰离子或谷氨酸条件下目的基因的表达分析进行标准化校正,同时也为其它乳酸菌内参基因的选择提供依据。
(1)建立了一种新型且高效的GABA定量分析方法。由于谷氨酸与GABA之间存在相互作用且该作用严重阻碍了两种化合物的分离。因此,我们提出了醋酸锌辅助差异沉淀/溶解(ZA-DPD)策略,通过逐步回收GABA以除去发酵液中的干扰物谷氨酸,这主要归因于两种重要试剂(谷氨酸沉淀试剂和谷氨酸排斥试剂)的使用。在每次沉淀过程中,谷氨酸沉淀试剂保证大部分GABA仍可溶,仅少量GABA与谷氨酸共沉淀;在耦合的溶解过程中,共沉淀的GABA完全溶出,仅少量(水为溶解剂)或无(谷氨酸排斥试剂为溶解剂)谷氨酸共溶出,这一过程重复两次,直到完全去除谷氨酸盐。
随后建立了ZA-DPD—比色法定量GABA。该方法是将25μL的醋酸钠缓冲液(pH5.8)加入到已去除谷氨酸的GABA发酵液样品(2mL)中并混匀,然后加入0.2mL的茚三酮显色剂并混匀,随后放于水浴锅中50℃显色50min;之后测定吸光值,对样品中的GABA进行定量。该方法或许有助于与GABA或谷氨酸相关领域的研究。
(2)为了准确可靠的进行基因表达分析,有必要使用一个或多个合适的内参基因对基因表达数据进行标准化。本实验中,我们采用geNorm、NormFinder、BestKeeper三种统计方法,对不同培养条件、不同生长阶段的10个候选基因(FUSA[translationelongationfactorG],16srRNA,HSP60[ChaperoninGroEL],LDHD[D-lactatedehydrogenase],PYRG[CTPsynthase],RPOC[pyrroline-5-carboxylatereductase],RECA[RecA/RadArecombinase],PHES[Phenylalanine--tRNAligasealphasubunit],GAPDH[Glyceraldehyde-3-phosphatedehydrogenase],TUF[ElongationfactorTu])的表达水平和稳定性进行评估,以筛选出合适的内参基因。结果表明,在全部样本中,最佳的内参基因为RECA,其次是TUF和PHES;在Mn2+胁迫条件下,最佳的内参基因为RECA,其次是LDHD和TUF;在谷氨酸胁迫条件下,最佳的内参基因为TUF,其次是PHES和RECA。本实验将为进一步研究CD0817等乳酸菌(LAB)在锰离子或谷氨酸条件下目的基因的表达分析进行标准化校正,同时也为其它乳酸菌内参基因的选择提供依据。