从广州、珠海采集水黄皮(Pongamia Pinnata)根瘤,分离获得18株根瘤菌和9株内生菌,并同7株参比菌株,采用数值分类、BOXAIR-PCR、16S rDNA PCR-RFLP, 16S rRNA基因全序列分析等方法对其进行了表型多样性、遗传多样性和系统发育研究。数值分类结果：18株水黄皮根瘤菌在91.5%的相似水平上,形成了4个表观群；9株内生菌在80%的相似水平上,形成3个表观群。生理生化性状测试结果表明,所有供试菌株在碳、氮源利用、耐盐性、耐酸碱性等方面存在着一定差异,88.9%的菌株能pH5.0培养基上生长,66.7%的株菌能耐受4%NaCl。供试菌株间存在着丰富的遗传多样性。BOXAIR-PCR指纹分析结果表明：18株水黄皮根瘤菌86%相似水平上共形成8个遗传群；9株内生菌在71%相似水平上被分为4个遗传群。16S rDNA PCR-RFLP酶切图谱分析结果表明,18株水黄皮根瘤菌形成了7种遗传型；9株内生菌形成8种遗传型。对代表菌株的16S rDNA序列分析后构建了系统发育树,供试根瘤菌的代表菌株分布在Sinorhizobium、Ochrobactrum、Rhizobium和Agrobacterium4个属。其中PIN5与S. morelense Lc04T的序列相似性为99.3%；PIN8、PIN26与Ochrobactrum lupini LUP21T的序列相似性分别为100%和99.6%; PIN4与R.multihospitium CCBAU83401T的序列相似性为99.9%；PIN14与R.alamii GBV016T的序列相似性为99.9%。而内生菌则分布在Kaistia和Burkholderia2个属。