我国是荔枝的原产地，拥有世界上最多的荔枝种质资源，包含了单性结实、特大果、焦核、特早熟和特迟熟等优异果实性状的种质。丰富的种质资源是品种改良的基础，但是种质资源的遗传背景不清和严重的同名异物以及同物异名现象导致荔枝种质名称较乱，这给资源的管理、评价、利用及生产应用带来诸多不便。为了解决这些问题，本研究收集了来自我国荔枝主产区广东、台湾、海南、广西、云南、福建和四川等省份共计432份的荔枝种质资源(其中有16份样品被鉴定为重复样品，在聚类分析时不包括该16份材料)。利用自主开发的EST-SSR分子标记(筛选的核心标记)对供试样品进行遗传多样性分析、同名异物和同物异名的鉴别并对两个人工杂交群体的杂种苗进行了早期鉴定。结果如下：　　1.改进了荔枝基因组DNA的提取方法。利用CTAB改良法，获得了高质量的432份荔枝资源的基因组DNA。利用这些DNA模板可以扩增出清晰稳定的条带。　　2.大规模开发EST-SSR引物，获得242个特异性强的EST-SSR标记。利用‘马贵荔’和‘三月红’两个样品筛选784对引物，得到扩增效果较好且有多态性的引物242对。　　3.筛选荔枝EST-SSR核心标记34个。利用‘马贵荔’ב三月红’82株杂交群体进行扩增，根据所得结果利用JoinMap3.0软件构建连锁图谱，共得到8个连锁群。定位在遗传连锁图谱上的EST-SSR标记共78个。筛选遗传距离大于3 cM且分布相对均匀的标记34个，作为核心标记用于后期的遗传多样性分析。　　4.获得416份荔枝样品的聚类分析图谱。Ntsys软件的运算结果表明，416份样品的相似系数变化范围是0.44-1.0，这说明供试样品遗传多样性非常丰富。在相似系数0.44处，供试样品可被分成两大类群。在相似系数为0.684处，可将供试材料分成39个类群。　　5.利用EST-SSR核心标记分析，发现了30多对样品存在同名异物或者同物异名的现象。　　6.利用Popgene32软件对不同省份的样品进行聚类分析，发现四川的栽培种和云南的野生种与其它的群体有较大的差别。其它群体的亲缘关系较近。　　7.分别利用3对EST-SSR引物对‘雪怀子’ב桂味’和‘雪怀子’ב焦核三月红’两个杂交群体进行真假杂种鉴定。结果显示159株的F1代杂交后代全部为真杂种。