流域良好的生态可为流域内其他产业提供清洁的水资源，由此形成旅游景观、水电、水产品等多种重要环境服务功能。但随着我国经济社会的发展，流域内经营性用水产业的不断增加，对流域生态服务的要求越来越多，而流域承受的压力也越来越大，流域资源与环境之间的矛盾越来越突出。流域承受的压力大部分转化为流域上游生态输出产业的压力，使其在自身发展方面受到了严重损害。如何有效的解决流域内各利益相关产业之间、环境与发展之间的关系问题成为当务之急。　　 流域生态环境属于准公共物品，“搭便车”现象非常普遍，流域生态环境的保护与受益之间严重脱节，流域生态环境恶化的趋势难以改变。流域内产业间生态补偿作为流域生态补偿的有机组成部分，是调整流域内相关产业间由于流域水资源及生态环境的正外部效应而引起的经济利益及环境利益的分配关系，内化相关活动产生的外部成本的制度安排。国内外一些地区和流域已经就流域生态补偿进行了探索，积累了宝贵的经验。基于此，本文借鉴流域生态补偿较为成熟的理论，在掌握国内外生态补偿研究现状的基础上，着重从市场化角度入手，选取流域内经营性用水主体为例，并对流域内经营性用水主体中的典型--旅游业、水电业、流域养殖业等三个产业，从补偿主体、补偿标准及补偿途径三个生态补偿的必须解决的问题进行分析，说明了经营性用水主体对上游补偿的合理性，并根据不同产业的不同用水情况，分别从经营利润、用水量以及占用水面面积三种不同的核算方法对经营性用水主体的补偿标准进行探讨。为了使补偿标准更接近实际情况，本文在结合不同核算方法的基础上，联系现有的生态补偿的案例，针对现实情况，通过博弈-协商机制，引入谈判能力系数，确定了生态补偿额度的计算公式。　　 我国对流域生态补偿的研究正处于初级阶段，仍以政府补偿为主。本文通过对政府补偿和市场补偿的对比，明确了市场补偿的必要性，市场补偿是政府补偿的有益补充。通过资金补偿、实物补偿、智力补偿以及其他补偿等方式的结合运用，让受偿方尽可能的得到补偿，保障流域内产业间生态补偿的顺利实施。　　 最后，本文还对流域内产业间生态补偿的辅助机制进行了相关研究，构建了流域内产业间生态补偿的制度框架，设计了组织领导、法律保障、多方评估及监督机制等的方式，保障流域内产业间生态补偿的运行。此外，还通过动态演进法构建了流域内产业间生态补偿的完善机制。