随着资本市场的发展,上市公司的并购重组已经成为了我国上市公司资本运营的一种普遍的方式。成功的并购重组能给企业带来很多好处,能增强企业竞争力,提升企业获利能力,为股东创造更大价值。在这股并购浪潮下,医药类上市公司的并购重组显得异常活跃,近几年医药类上市公司并购重组在数量上都是两位数的增长,2016年上半年较2015年同期增长近36%,在模式上主要采用借壳上市和产业整合。在医药类上市公司并购重组的规模不断扩大和速度不断推进过程中,税务问题对并购重组的影响也凸显了出来,甚至在一些个案中因为税务问题处理不当,最后导致整个并购重组搁浅。为了支持企业并购重组,国家从税收政策角度制定包括企业所得税、个人所得税、增值税、营业税1、土地增值税、契税及印花税等相关税收政策。但由于并购重组交易模式的复杂性和个案的特殊性,以及现有的税收政策在一定程度上规定得比较模糊,使得税收政策与并购重组现实情况存在一定的差异,增加了并购重组处理税务问题的不确定性和难度。基于这样的现状,本文拟通过医药类上市并购重组相关理论、税收原则及政策的研究,结合X公司重组案例的税务问题分析,采用了从税收政策制定及执行如何与医药类上市公司并购重组现状相符合的新的研究逻辑路径,得出了从税收政策制定、执行及企业合理选择税务处理方式等几个层面去应对相关税务问题的结论。本文结合X公司重组案例研究发现,医药类上市公司并购重组主要涉及企业所得税、个人所得税及增值税的问题。企业所得税主要涉及在选择特殊性税务处理时是否具有合理商业目的、认定改变实质性经营活动的期限设置及针对交易对手为自然人股东时企业选择特殊性税务处理的主体不对应的问题;个人所得税主要涉及能否适用特殊性税务处理及如何科学实现扣缴义务人的扣缴义务等问题;增值税主要涉及如何提供税务机关要求的享受税收优惠相关资料的问题。针对这些问题,在对策建议部分从税收政策制定、执行及企业合理选择税务处理方式等多个层次给出了解决问题的对策建议,得出了多层次多角度解决医药类上市公司并购重组税务问题的结论,希望能对医药类上市公司处理类似并购重组产生的税务问题提供一些有益的参考。