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本文针对HIV-1RT,筛选了中国天然产物库和SPECS数据库,确定了一些可能有抑制作用的化合物。
本文介绍了为了更好地了解乙酰胆碱酯酶(AChE)与它的抑制剂石杉碱乙(HupB)之间的相互作用,为设计新的抑制剂提供参考,我们利用量子化学密度泛函B3LYP/6-31G*方法和红外光谱实验对石杉碱乙的天然构象和与乙酰胆碱酯酶的结合构象进行了研究。计算和实验均表明,石杉碱乙的天然构象和结合构象都是椅式构象。
本文B3LYP/6-31G*的结果预示,结构S1应该是两种椅式构象(图2,S1和S2)中的优势构象。计算结果还显示,包含环A,B和C的拼合环结构具有非常大的刚性。因此,在将此结构对接到靶标时,无须考虑其柔性。利用X射线测定的HupB-AChE复合物结构中的HupB与利用B3LYP/6-31G*预测的几何结构极为吻合,证实了这一假定。
本文计算预测最强的吸收带与红外光谱实验结果的差异表明,HupB晶体结构中存在某种强烈的分子间相互作用,可能是氢键作用。从HupB的B3LYP/6-31G*CHelpG原子电荷拟合得到的静电势表面预示了一种HupB与乙酰胆碱酯酶作用的可能机制。另外,预测振动带(校正系数0.96)和实验结果的良好吻合结果表明,B3LYP/6-31G*是研究此类天然产物的优良工具。