中国是一个海洋大国,航海历史源远流长,海上丝绸之路闻名于世。在几千年的历史长河里,创造了灿烂的蓝色文明。为我们留下了丰富的水下文化遗产。随着全球性新一轮“重返海洋”蓝色开发浪潮的到来,沿海地区大幅度、高强度的开发严重地威胁到水下文化遗产的安全。对沿海区域水下文物的探测和保护显得极为迫切。科学、合理、主动的探测和保护水下文化遗产已经成为水下考古学家和管理者们关注的课题。我国传统水下考古调查和文物遗址保护工作采用的方法存在很多问题,因此本文将GIS技术引入水下考古学中,以水下探测和水下发掘的资料作为研究的基础,建立水下考古地理信息系统,实现水下考古数据的空间化,实现考古资料的多源获取和管理、数据处理、信息检索、考古环境模拟、空间分析与决策等功能。为考古工作者制定探测区域,潜水探摸、发掘方案等决策工作,提供参考方案和借鉴案例。利用GIS空间分析方法对水下考古数据进行空间模式研究,探讨古代航海技术以及贸易航线；研究古代中国的海上交通史,对外贸易；认识当时的海洋环境、国家的政治、经济、生产力发展水平和海洋文化；重现“海上丝绸之路”的繁荣盛况。本文的主要工作集中在以下四个方面：1.在讨论水下考古学、环境考古学、地理信息科学的理论基础上提出GIS水下考古的概念。研究了水下考古学和考古地理信息系统的国内外研究现状以及发展趋势,进而探讨GIS水下考古研究的意义。2.通过分析目前水下考古工作中的存在的问题,引入GIS的技术方法和手段来研究水下考古工作的流程,以此来解决传统水下考古方法中的种种不足。3.运用GIS的空间分析技术分析影响水下考古的环境因子；将已经发现的福建省水下文化遗址作为研究实例,揭示水下文化遗址的空间分布特征。4.基于水下文化遗址的空间分布规律建立模型,挖掘考古线索,预测福建海域可能存在的水下遗址分布空间,为水下考古提供依据。本文研究水下考古工作的流程。应用GIS空间分析技术探讨已知福建水下遗址的空间分布特征并挖掘所隐含的考古线索,预测水下文物存在的重点区域,为水下探测工作提供科学依据。研究表明GIS技术支持下的水下考古学研究,由于具有水下考古综合数据库和空间分析功能的支持,不但使水下考古的探测和调查更具科学性、主动性,并且也使得水下考古研究的视野更宽广。GIS与水下考古相结合,能够综合地、动态地获取、存储、管理和分析水下考古信息,为我们的水下文物探测和管理工作提供了多层面多角度的综合立体数据支撑以及优选建议,对进一步提高水下文物的调查、保护、管理发挥重要作用。同时也是水下考古数字化的一条必经之路。空间分析方法具有传统考古学无法比拟的优势。通过空间分析方法对福建海域已知水下沉船遗址的分析,总结出沉船遗址的分布特征及其规律,得出水下考古探测的重点区域。