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本课题运用蛋白质色谱纯化技术对蚯蚓组织中的新型DNA酶样物质进行了系统、全面的色谱柱上色谱行为分离纯化研究；并通过应用最新现代生物信息学、蛋白质组技术体系对此酶的部分信息结构进行了鉴定。 一．蚯蚓组织中新型DNA酶样物质色谱柱上色谱行为分离纯化研究 利用Kunitz、Yasuda等对DNAse Ⅰ的酶活力定义作为新型DNA酶样物质的活性检测体系；通过对此酶特殊的理化特性研究，首先经过糖溶法、选择性酸变性、热冲击变性、乙醇沉淀等物理方法完成高效粗分级分离制备，去除了大部分杂蛋白，实现从复杂的样品体系中大量、快速的捕获目标蛋白；然后利用Amersham Biosciences公司的AKTApurifier层析仪、选用Sepharose Fast Flow和Sephacryl系列凝胶以及Hitrap Selection Kit和XK系列层析柱研究蚯蚓组织中新型DNA酶的色谱行为与分离特性。 结果：研究确定Hitrap DEAE Sepharose Fast Flow弱阴离子交换层析、Hitrap Phenyl Sepharose 6 Fast Flow(low sub)疏水层析以及sephacryl S-200为该酶最适色谱分离填料，分离得到2.4KD大小的电泳级纯度新型DNA酶样品，并以此制定了一种高效快速、稳定合理的精纯化工艺路线。 二．蚯蚓组织新型DNA酶样物质快速、精确的蛋白质组技术方法应用 从SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳上切下分离得到的目的蛋白条带进行胰蛋白酶胶内酶解，经过脱色、肽提取、Matrix混合然后经MALDI-TOF-MS获得酶解后肽片段的肽质量指纹图谱(PMF)及一组肽分子量数据信息，利用MASCOT通过SWISS-PROT数据库检索对目的蛋白进行鉴定，通过MOWSE评分方法在未能得到准确匹配识别的前提下进一步利用纳升山西医科大学生化与分子生物学2003届硕士学位论文电喷雾串联质谱(MS蒯s)进行自动数据依赖性扫描，选定母离子经碰撞诱导裂解(CID)产生串联质谱谱图，与NCBI数据库中肤序列的理论串联质谱谱图进行对比检索鉴定蛋白质，同时对母肤进行原始MS佩S谱图的解释确定获得重新测序(de novo peptide Sequencing)。 结果:通过MOWSE评分方法主要获得两组匹配: 1 .91}543530，Alkaline tryPsin一like serine Proteinase(EC 3.4.21一)F一I一0一earthworm(Lumbrieus川bellus)(fragment) 2 .91}3668 1 71，RNA Polymerase 1 seeond一largest subunit(NeurosPoraerassa) 检索结果初步显示为一种新蛋白，分子量为24169.34。检索所得有意义匹配肤段为蛆叫体内的一种小分子肤，分子量为2508，为一种碱性丝氨酸蛋白酶样物质，由此可以初步判断出这种新型蛋白质中含有部分丝氨酸蛋白酶样(e arthworm)结构序列功能;同时在其相似匹配中有部分RNA聚合酶I序列特征，由此初步判断这种新型DNA酶样物质中的部分序列与RNA聚合酶I有序列同源性。但其全面、具体的结构与功能尚有待于做进一步的研究分析确定。该蛋白为蛆叫组织中提取的新型DNA酶样物质。 总之，本课题通过对蛆妇组织中新型DNA酶样物质多重色谱技术研究成功的探索出一条高效快速稳定的下游精纯化工艺;同时利用蛋白质组生物质谱技术对分离纯化样品成功地进行了生物学鉴定，为下游纯化研究提供了一个坚实可靠的蛋白质生物信息学技术理论平台。