病毒蛋白质组学是指运用蛋白质组学方法对病毒蛋白质组成以及病毒和宿主相互作用进行系统性分析。本论文综合运用不同的蛋白质组学技术路线,对棉铃虫核型多角体病毒两种不同病毒粒子的蛋白质组成以及日本乙型脑炎病毒感染后宿主的蛋白质组变化进行了详细分析。杆状病毒(baculovirus)在其生活周期中会产生两种病毒粒子：出芽型病毒(budded virus, BV)粒子和包涵体型病毒(occlusion-derived virus, ODV)粒子。ODV主要进行口服感染,而BV主要在宿主体内进行水平传播。我们运用多种蛋白质组学方法对α杆状病毒模式株之一的棉铃虫核型多角体病毒(Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus, HearNPV)两种病毒粒子的蛋白组成、蛋白相对位置和蛋白质翻译后修饰进行了研究。我们在两种病毒粒子上一共鉴定到77种HearNPV蛋白,并对其中54种蛋白进行了定位。我们的研究表明,BV和ODV共有的蛋白主要和核衣壳的组装以及运输有关；两种病毒粒子的膜蛋白差别较大,其中BV特有的膜蛋白和膜融合等过程有关,而ODV特有的膜蛋白主要和口服感染有关。此外,两种病毒粒子的翻译后修饰差别也较大,其中我们只在BV中鉴定到糖基化位点,ODV中没有鉴定到。我们的研究为两种病毒粒子不同功能的解析提供了新的启示。日本乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus, JEV)在宿主细胞内进行复制的过程中,需要借助宿主蛋白完成复制,而宿主自身免疫系统会被激活。为了研究JEV对宿主细胞的影响,我们首次运用基于SILAC的亚细胞定量蛋白质组学技术对JEV感染的HeLa细胞进行了分析。我们发现158种宿主蛋白受JEV入侵的调控,生物信息学分析表明这些蛋白主要为免疫应答、泛素-溶酶体系统、内膜系统以及脂类代谢相关蛋白,表明这些生物过程受JEV入侵影响较大。通过siRNA技术,我们对8种JEV调控的宿主蛋白进行了功能分析,发现其中4种蛋白(IFITM3, RANBP2,SAMD9和VAMP8)的表达量下降后,细胞内JEV的含量降低。通过我们的研究,我们对JEV入侵后宿主细胞的反应有了更好的了解；此外我们还发现了4种潜在的抗JEV因子,为以后针对这些蛋白的抗病毒研究提供了帮助。