医疗卫生事业的健康发展事关整个国计民生,习近平总书记在十九大报告中提出实施健康中国战略,深化医药卫生体制改革,全面建立中国特色基本医疗卫生制度、医疗保障制度和优质高效的医疗卫生服务体系,健全现代医院管理制度。我国医疗卫生服务的主体就是公立医院,且公立医院医疗系统管理信息化程度普遍较高,积极开展公立医院计算机审计,加强对其收费业务的监督,促进医院严格规范管理,充分发挥审计监督的“免疫系统”功能。本文运用经济学、管理学、计算机科学理论,系统分析了我国现阶段县级公立医院审计中的现状、原因与发展趋势,面临医院数据量大面广、信息系统复杂及信息掌握不充分等困境,引入计算机审计技术势在必行。在应用计算机审计技术对县级公立医院的审计过程中,以公共受托责任理论、国家治理等理论为指导,根据公立医院的审计实施方案、计算机审计思路构建数据分析模型,经过审前准备、建模、分析、核实等审计流程,再列举了S县医院应用计算机审计的案例,充分说明了计算机审计技术在公立医院审计项目中应用有着很大的优越性,但同时也发现了在计算机审计过程中存在财务数据与业务数据采集困难,各行业数据不能共享,审计人员的综合素质和技术水平不能适应计算机审计需求等问题。最后,结合目前信息化审计发展的趋势,提出了创新计算机审计数据采集模式及强化思路转变,加强和完善联网平台建设,建立数据共享平台等措施,期望为提升公立医院的审计水平做出贡献。