小叶锦鸡儿（Caragana microphylla）和狭叶锦鸡儿(Caragana stenophylla)是豆科锦鸡儿属（Caragana Fabr.）多年生旱生灌木，是内蒙古高原锦鸡儿属分布面积最大，数量最多的两个物种。小叶锦鸡儿是羽状叶类群代表，为二倍体植物，狭叶锦鸡儿是假掌状叶类群代表，为四倍体植物。它们具有抗旱抗寒、耐风蚀、耐贫瘠的特点，可防风固沙，保持水土，在环境保护方面具有重要意义。本研究采用SSR分子标记技术对内蒙古高原自然分布区的7个小叶锦鸡儿种群和8个狭叶锦鸡儿种群的遗传多样性、遗传结构和遗传分化等遗传特征进行分析，探讨其对环境的适应差异，为锦鸡儿属种系演化关系提供遗传理论依据，并结合气候因子和土壤因子分析环境对遗传多样性的影响。主要研究结果如下:　　1)形态及土壤养分特征:小叶锦鸡儿的冠幅和株高显著大于狭叶锦鸡儿;小叶锦鸡儿的土壤养分含量显著高于狭叶锦鸡儿，土壤pH值在两物种间有显著差异;相关分析表明:冠幅与年平均降水量、有效积温、平均相对湿度、0-20cm土层全氮含量、土壤C/P、C/N存在显著相关性;植株高度与有效积温、0-10cm土层有机碳含量、土壤N/P有显著相关性。表明除遗传因素外，气候因子和土壤因子是这两个物种形态特征差异主要影响因素。　　2) SSR遗传多样性分析:狭叶锦鸡儿的总Neis基因多样性指数和Shannons信息指数分别为0.2100和0.3436，小叶锦鸡儿的分别为0.1885和0.3087，表明狭叶锦鸡儿的遗传多样性大于小叶锦鸡儿;小叶锦鸡儿的遗传分化系数(Gst)和种内变异度分别为0.2725和66.79％，狭叶锦鸡儿的分别0.3074和69.12％，表明两种锦鸡儿种群的遗传分化程度较高;小叶锦鸡儿的基因流(Nm)为1.3345，狭叶锦鸡儿的为1.1264，表明居群间的遗传分化并非由遗传漂变引起。　　3)遗传多样性与生态因子的相关性:遗传距离与地理距离的Mantal检验结果表明两者无显著相关性;逐步回归分析表明，平均气温、0-10cm土壤全磷和全氮含量与两种锦鸡儿的遗传多样性有显著相关性。　　4)聚类分析表明:两种锦鸡儿表现出从东向西逐渐聚类趋势，且地理距离相近的种群会优先聚在一起。