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本文对14个蛹虫草Cordycepsmilitaris居群rDNA-ITS、nrLSU、MAT等基因序列进行测序，结合GenBank中相关类群，构建不同序列数据集矩阵，分析蛹虫草居群遗传结构，并重建蛹虫草及近缘种属系统发育关系。 本研究测序获得22条ITS序列，结合GenBank中蛹虫草ITS数据，共获得150条序列。序列分析显示，不同地理来源的蛹虫草ITS序列差异很小，而单孢子分离菌株的差异相对较大。 开展6基因（nrLSU、nrSSU、Tef-1α、Rpb1、Rpb2、β-tubulin）测序，对实验菌株分别进行单基因和多基因联合分析。结果表明，多基因联合分析较单基因序列分析显示出更多的遗传分化信息，并且有更好的分支支持率。多基因分析显示，昆明西山居群和嵩明大哨居群较其他居群遗传分化明显。整体而言，云南分布的蛹虫草居群间遗传分化较大，而东北分布的蛹虫草居群间遗传分化较小。 开展MAT基因测序(MAT1-1-1和MAT1-2-1)，结合GenBank中相关类群分析其系统发育关系。结果表明MAT1-1-1基因在蛹虫草种内高度保守，而物种间差异明显;MAT1-2-1基因在蛹虫草居群间遗传分化明显，其中，昆明西山居群和嵩明大哨居群相对其他居群分化显著，聚类结果与6基因拓扑结构一致。 本研究还分析蛹虫草与其无性型的分类地位，探讨蛹虫草与近缘种属的系统发育关系。在GenBank中选择若干近缘物种，包括艳虫草菌科Cordycipitaceae大约80％的已报道物种，分别构建ITS和3～5基因（nrSSU，nrLSU，Tef-1α，Rpb1，Rpb2）聚类树。分析表明，ITS与3～5基因聚类树拓扑结构基本一致;蛹虫草在艳虫草菌科中隶属于虫草菌属（Cordycepss.s.），为单系分支，与近缘种无性型属白僵菌属Beauveria、棒束孢属Isaria和蚧霉属Lecanicillium等，都有一定的距离。研究表明，蛹虫草无性型不能简单的归属到拟青霉类群或轮枝孢菌类群中，蛹虫草无性型的系统发育关系有必要重新认识。