依法行政作为我国依法治国基本方略的重要组成部分，是依法治国的核心和基础。《中华人民共和国行政许可法》第1条就开宗明义地指出，在行政许可设定和实施中，保护公民、法人和其他组织等行政当事人的合法权益，为其立法宗旨，旨在高屋建瓴地指导具体领域内行政许可立法与实践。在城市排水许可这一具体行政许可行为与法律制度中，污水处理厂作为接纳并处理排水户所排污水的主体，是城市排水许可结果的承担者。因此，在城市排水许可的立法与实践中，保护作为行政当事人的污水处理厂的合法权益是贯彻实施《行政许可法》的必然要求，也是依法行政的题中之义。而当前，由于《城市排水许可管理办法》等城市排水许可相关立法的不完善而导致污水处理厂的法律主体地位与权利被漠视，合法权益得不到切实有效的保护。城市排水许可己然成为影响污水处理设施正常运行的主要原因，将污水处理厂置于“一边“吃进”超标污水，另一边又要达标排放”的被动接受城市排水许可结果的弱势地位，严重制约其有效发挥环境效益、社会效益与经济效益，影响水污染的防治和公共利益的维护。因此，从法学的角度，用权利的视角分析污水处理厂的弱势地位，发现污水处理厂在相关立法中权利的缺位是导致其弱势地位的症结所在，所以本文将城市排水许可影响污水处理厂运行与权益的问题归结为城市排水许可中污水处理厂权利保护问题进行研究。　　 文章着力于运用行政法学、宪法学、法理学、环境法学、环境科学等多学科的知识，采取文献资料法、逻辑分析法、价值分析法等研究方法，兼顾理论和实践两个层面，对城市排水许可中污水处理厂权利保护问题进行研究。以确立污水处理厂在城市排水许可中的法律主体地位为切入点，深入分析污水处理厂与城市排水许可之间的内在关联，严密论证污水处理厂作为城市排水许可行政相关人的合理性、合法性以及正当性，明确污水处理厂权利主体的地位。继而全面解析污水处理厂权利体系的概念、法律渊源以及法律属性，力图详尽阐述污水处理厂所享有行政受益权、行政参与权、程序性权利、受平等对待权以及自由权利的具体内涵和外延。然后，从法理学、宪法、行政法三个角度探讨污水处理厂权利保护的理论根基，进一步从“权利制约权力”以及“权利协助权力”两方面对污水处理厂权利保护的现实意义进行逻辑解读，揭示污水处理厂权利保护对于促进依法行政和民主行政，完善城市排水许可制度的积极作用。　　 任何理论研究工作最终的落脚点必然是对实践形成一种影响和指导。经过严密的论证和系统的分析后，本文最后从立法完善、行政保护以及司法救济三方面提出污水处理厂权利保护的应对之策。第一，遵循权利保护，良法先行的原则，分析现有立法的不足与缺陷，为完善城市排水许可相关立法提供建议，使得污水处理厂权利保护有法可依。第二，加强行政保护，构建多项行政保护的制度与机制，增加行政保护的方式，将污水处理厂权利保护融入到城市排水许可实施的全过程中，将立法宣告的污水处理厂权利真正落实，力求权利保护的全面与彻底。第三，为污水处理厂权利保护提出最终极、最权威的司法保护途径，促使污水处理厂权益受到侵害时能够获得有效的司法救济。