人芽囊原虫是一种常见的寄生于人体肠道的寄生物，在世界范围内广泛分布。但是，关于人芽囊原虫生物学特征的诸多方面，包括分类学地位、物种划分、生活史和传播模式等尚未阐明。甚至对于人芽囊原虫在人体的感染情况和地理分布也缺乏了解，原因在于人类粪便中排出的人芽囊原虫虫体较小且形态多样，因此，流行病学调查常用的检查方法包括直接涂片法、甲醛-乙醚沉淀法和固定染色法等均被认为是敏感性较低的检查方法。近年来，研究者推荐使用体外培养法作为人芽囊原虫流行病学调查的检查手段。我国对人芽囊原虫的研究较少，且流行病学调查时多采用直接涂片法，因此，普遍认为，我国各地人芽囊原虫的人体感染率可能被严重低估。目前，对人芽囊原虫基因多态性的研究已成为该领域的热点问题，国外研究者运用不同的手段揭示了人芽囊原虫分离株存在着广泛的基因多态性，并尝试对基因多态性与生物学特性之间的关系进行探讨，但我国对该领域的研究甚少。 本研究首先用体外培养法作为流行病学调查手段对不同人群进行了横断面调查，以了解不同人群的人芽囊原虫感染率；然后运用特异性STS(测序标签位点，sequenced-tagged sites)引物PCR．扩增的方法分析来自不同人群的人芽囊原虫分离株的基因多态性，了解各调查人群基因型的分布；最后对其中一个人群进行了详细的问卷调查，分析影响人芽囊原虫及不同基因型感染的因素，初步探讨人芽囊原虫不同基因型与生物学特性间的关系。本研究的调查人群分别来自：云南省大理白族自治州洱源县居民、西双版纳傣族自治州勐海县居民、上海市徐汇区居民和青浦区居民、浙江省温州市永嘉县人民医院病人。 结果表明，所研究的各人群人芽囊原虫的感染率有所不同，徐汇调查人群感染率最低，勐海最高。徐汇、青浦、永嘉、洱源和勐海所调查人群人芽囊原虫感染率分别为1.9％、3.2％、5.9％、18.4％和32.6％，均高于既往对邻近地区报告的感染率。在流行程度不同的地区，人芽囊原虫感染的年龄、性别分布特征有所不同。在感染率较高的洱源和勐海，女性感染率略高于男性，而在感染率较低的徐汇、青浦和永嘉，男性感染率略高于女性。在年龄分布上，发现人芽囊原虫感染率与年龄的关系呈现“峰值位移”现象，即：感染率越高的地区，感染率高峰出现中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所在越低的年龄组，而感染率越低的地区感染率高峰出现在越高的年龄组。在洱源和勐海感染率最高的是10．19岁年龄组，而在徐汇、青浦和永嘉，感染率以60岁及以上年龄组最高。民族分布上，洱源县调查人群中，白族居民感染率显著高于汉族居民。各人群共查见192名人芽囊原虫感染者，对来自每位感染者的分离株的基因组DNA进行STS-PCR分析，结果表明，我国人芽囊原虫分离株存在着广泛的基因多态性。本研究共得到5个已知基因型(subtype 1、2、3、4、6)和1个新基因型，各调查人群间基因型的分布无显著性差异。所有基因型当中，subtype 3所占比重最大，其次是subtype 1。对照国内外既往对人芽囊原虫基因多态性的研究结果发现，各个国家都是以subtype 3占优势，但其它几型所占比重有所不同，提示各基因型的流行特征之间可能存在差异。本研究结果显示，与国外的研究结果相比，我国两个基因型混合感染所占比例较大。本研究未发现人芽囊原虫基因型分布的性别差异。另外，本研究发现，来自同一个家庭的成员可感染不同基因型的虫株。 对勐海县弄养村村民的横断面调查结果表明，当地寄生虫多重感染现象普遍存在，其中，钩虫、结肠内阿米巴和微小内蜒阿米巴感染与人芽囊原虫呈正相关关系。问卷调查结果表明，饮用生水和饲养猪与人芽囊原虫感染呈正相关关系，是感染的危险因素，而生食猪肉与感染呈负相关。分别研究不同基因型与各个因素间的关系时发现，在寄生虫多重感染现象中，结肠内阿米巴感染仅与人芽囊原虫subtype 1感染呈正相关，而钩虫感染和微小内蜒阿米巴感染与subtype 3感染呈正相关；生食水生植物(当地主要是水芹菜，一种野菜)是subtype 1感染的危险因素，而饮用生水仅是subtype 3感染的危险因素。提示人芽囊原虫不同的基因型在外部生存的微环境、传播途径等方面可能存在着差异。 本研究表明，我国人芽囊原虫感染率存在着地区差异，经济发展水平较低的西南部地区感染率较高：我国人芽囊原虫分离株存在着广泛的基因多态性；饮用生水、动物接触和生食习惯与人芽囊原虫的感染有关，影响不同基因型感染的因素有所不同。