奶牛乳房炎是严重危害奶牛业的疾病之一，也是给奶牛业造成巨大经济损失的疾病之一。金黄色葡萄球菌是奶牛乳房炎的主要致病菌，可引发奶牛乳腺组织炎症、纤维化，严重影响乳的质量和奶牛的产乳年限等。在金黄色葡萄球菌感染的早期，黏附素是最重要的致病因子，阻断金黄色葡萄球菌感染的初始阶段，可能是预防感染最有效的策略。本研究以新疆三个不同地区流行的金黄色葡萄球菌粘附素纤连蛋白结合蛋白FnBPA分子A区为研究对象，分析其遗传特征，探讨FnBPA分子A区的遗传多态性是否会影响以FnBPA为免疫原的免疫特性。本研究通过PCR技术分别扩增了新疆三个不同地区14株牛乳源金黄色葡萄球菌FnBPA的功能基因，并进行序列测定。测序结果表明已成功克隆目的基因。对测序成功的金黄色葡萄球菌FnBPA-A基因进行同源性比对发现，新疆地区FnBPA-A核苷酸序列的同源性为76.6%～100%，氨基酸序列同源性为71.4%～100%。分析结果表明，新疆不同地区金黄色葡萄球菌FnBPA-A序列具有一定的差异性，在系统发育树主中主要表现为三个不同的分支。将目的片段FnBPA-A与真核表达载体PVAX1连接，构建FnBPA-A重组质粒。间接免疫荧光结果表明重组质粒在293T细胞中成功表达目的蛋白。将重组质粒对小鼠进行免疫，均获得较高效价的抗体，而且免疫后产生的抗体也具有不同的特点。本研究的结果将为今后根据菌株的遗传特征合理的设计适合本地区的金黄色葡萄球菌疫苗和实现对该病的有效控制提供实验依据。