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目的：探索皮瓣内切核酸酶1(flap endonuclease 1，FEN1)和MIR125B1基因位点多态性与头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma，HNSCC)易感性之间的关联，得到HNSCC风险位点；进一步探讨风险位点与吸烟是否存在交互作用；寻找表达量与风险位点多态性相关的基因；发现新的HNSCC易感性生物标志物，为HNSCC病因学研究提供线索。
方法：基于病例对照研究设计，选取2014年3月至2017年9月在华中科技大学附属同济医院和附属协和医院确诊为HNSCC的618例病人作为病例组，按照性别相同，年龄±5岁的标准，选取同期正常体检人群518例作为对照组，采集所有个体的基本信息和外周血样本，并提取DNA。通过查阅文献选择候选基因，使用生物信息学网站haploregv4.1和SNPFunctionPrediction确定研究的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点，本次研究最终选取FEN1基因rs174538、rs4246215和MIR125B1基因rs2241490。使用imLDR的方法对样本进行基因分型。利用多因素非条件logistic回归模型分析rs174538、rs4246215和rs2241490位点基因多态性与HNSCC易感性的关联，并进一步分性别、年龄分层分析。利用多因素非条件logistic回归分析易感性位点与吸烟之间的交互作用。此外，本次研究借助生物信息学网站PancanQTL和GEPIA2对美国癌症基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据进行表达数量性状位点(expression quantitative trait loci, eQTL)分析和基因差异表达分析。
结果：在校正年龄、性别、吸烟、饮酒等混杂因素后，研究发现，FEN1基因rs174538变异纯合AA基因型的HNSCC发病风险较GG基因型下降了47%(OR=0.53,95%CI=0.38-0.74)，而未观察到杂合GA基因型与GG基因型对HNSCC发病风险影响的显著性差异(P=0.07)；rs4246215的变异纯合TT基因型的HNSCC发病风险较GG基因型下降了49%(OR=0.51,95%CI=0.36-0.72)，未观察到杂合GA基因型与GG基因型对HNSCC发病风险影响的显著性差异(P=0.06)。此外，未能发现rs2241490与HNSCC发病风险之间的显著性关联(P>0.05)。性别分层分析发现，男性rs174538的AA基因型、GA基因型的HNSCC发病风险较GG基因型分别下降了56%(OR=0.44，95%CI=0.30-0.65)和35%(OR=0.65,95%CI=0.47-0.89)，rs4246215的TT基因型、GT基因型的HNSCC发病风险较GG基因型分别下降了56%(OR=0.44,95%CI=0.30-0.64)和34%(OR=0.66,95%CI=0.48-0.90)。而未发现女性不同基因型对HNSCC发病风险影响的显著性差异(P>0.05)。交互作用分析结果显示，未发现rs174538，rs4246215与吸烟之间存在交互作用。eQTL分析发现，在癌组织中FADS2基因表达与HNSCC易感性位点rs174538、rs4246215多态性有关(P<0.01)；基因表达差异分析发现在HNSCC癌组织和癌旁组织中FADS2和FEN1基因表达存在差异(P<0.01)。
结论：FEN1基因遗传变异位点rs174538和rs4246215多态性与HNSCC易感性之间存在显著性关联，rs174538的变异纯合AA基因型和rs4246215的变异纯合TT基因型是HNSCC患病的保护因素；未能发现MIR125B1基因位点rs2241490与HNSCC易感性之间存在显著关联。
方法：基于病例对照研究设计，选取2014年3月至2017年9月在华中科技大学附属同济医院和附属协和医院确诊为HNSCC的618例病人作为病例组，按照性别相同，年龄±5岁的标准，选取同期正常体检人群518例作为对照组，采集所有个体的基本信息和外周血样本，并提取DNA。通过查阅文献选择候选基因，使用生物信息学网站haploregv4.1和SNPFunctionPrediction确定研究的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点，本次研究最终选取FEN1基因rs174538、rs4246215和MIR125B1基因rs2241490。使用imLDR的方法对样本进行基因分型。利用多因素非条件logistic回归模型分析rs174538、rs4246215和rs2241490位点基因多态性与HNSCC易感性的关联，并进一步分性别、年龄分层分析。利用多因素非条件logistic回归分析易感性位点与吸烟之间的交互作用。此外，本次研究借助生物信息学网站PancanQTL和GEPIA2对美国癌症基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据进行表达数量性状位点(expression quantitative trait loci, eQTL)分析和基因差异表达分析。
结果：在校正年龄、性别、吸烟、饮酒等混杂因素后，研究发现，FEN1基因rs174538变异纯合AA基因型的HNSCC发病风险较GG基因型下降了47%(OR=0.53,95%CI=0.38-0.74)，而未观察到杂合GA基因型与GG基因型对HNSCC发病风险影响的显著性差异(P=0.07)；rs4246215的变异纯合TT基因型的HNSCC发病风险较GG基因型下降了49%(OR=0.51,95%CI=0.36-0.72)，未观察到杂合GA基因型与GG基因型对HNSCC发病风险影响的显著性差异(P=0.06)。此外，未能发现rs2241490与HNSCC发病风险之间的显著性关联(P>0.05)。性别分层分析发现，男性rs174538的AA基因型、GA基因型的HNSCC发病风险较GG基因型分别下降了56%(OR=0.44，95%CI=0.30-0.65)和35%(OR=0.65,95%CI=0.47-0.89)，rs4246215的TT基因型、GT基因型的HNSCC发病风险较GG基因型分别下降了56%(OR=0.44,95%CI=0.30-0.64)和34%(OR=0.66,95%CI=0.48-0.90)。而未发现女性不同基因型对HNSCC发病风险影响的显著性差异(P>0.05)。交互作用分析结果显示，未发现rs174538，rs4246215与吸烟之间存在交互作用。eQTL分析发现，在癌组织中FADS2基因表达与HNSCC易感性位点rs174538、rs4246215多态性有关(P<0.01)；基因表达差异分析发现在HNSCC癌组织和癌旁组织中FADS2和FEN1基因表达存在差异(P<0.01)。
结论：FEN1基因遗传变异位点rs174538和rs4246215多态性与HNSCC易感性之间存在显著性关联，rs174538的变异纯合AA基因型和rs4246215的变异纯合TT基因型是HNSCC患病的保护因素；未能发现MIR125B1基因位点rs2241490与HNSCC易感性之间存在显著关联。