长江三角洲是我国经济最具活力的地区之一，经济实力较强，地方政府间合作往来密切。随着长三角一体化发展上升为国家发展战略，该区域正面临前所未有的发展机遇。但另一方面，由于过度开发自然资源、污染生态环境，长三角地区的生态环境问题不容乐观，由此引发社会公平正义缺失、资源分配不均等社会问题，严重影响到长三角地区的可持续绿色发展。为解决此类问题，十九大明确指出要建立市场化、多元化生态补偿机制，地方政府间横向生态补偿作为有效的环境经济管制手段逐渐被提上政府日程并在多地试点实施。
　　长三角地区包括上海市、浙江省、江苏省与安徽省，各地都进行了具有地方特色的生态补偿研究与试点，在涉及跨省政府间合作上，长三角地区的典型案例则是安徽省与浙江省共同推进的新安江流域生态补偿。本研究立足长三角政府间合作的坚实基础，重点探究生态补偿机制中政府间合作的现状、困境与破解路径。在研究方法上，主要体现为文献分析、个案分析与访谈法相结合；在理论基础上，本研究主要运用外部性理论与制度性集体行动理论；在研究内容上，第一部分主要阐述了研究背景、研究意义、国内外对于生态补偿与政府间合作的研究综述等基本情况；第二部分对本研究的主要概念和理论基础进行了具体的说明；第三部分至第五部分为本研究的主体内容，第三部分从整体上分析了长三角地区生态补偿机制政府合作的行为缘起、基本现状与制度限制等；第四部分则运用个案——新安江流域生态补偿合作试点进行深入探讨，并运用制度性集体行动理论着重分析新安江流域试点的成本与收益、合作机制等，并对其面临的政府间合作困境展开探讨，认为存在制度供给不足、利益结构混乱、运作方式单一和社会支持乏力四个方面的难题；第五部分则在第四部分所提问题的基础上对症下药，为完善长三角地区生态补偿机制中的政府合作提出了针对性的政策建议。第六部分则是总结与展望，本研究一方面将制度性集体行动理论引入到政府间生态补偿合作中，为进一步丰富生态补偿机制研究提供了新的思路，另一方面通过总结归纳新安江案例的成功经验，为其他地区政府间横向生态补偿提供了示范样本，也为推进长三角生态一体化提供了一定的借鉴学习价值。