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本研究以若干不同的棉花品种(系)以及海陆杂交群体M37(♂新海20号×♀硕丰1号)，陆陆杂交群体M44(♂军棉1号×♀辽棉18号），4系列群体(♂军海1号×♀辽棉18号)与10Q系列群体(♂新海16号×♀108夫）作为材料，采用自然病圃法和茎杆注射法对其接菌，观察各个生理期的发病情况，并调查农艺性状与收获期的经济性状；采用不同抗病性的棉花品种，对其横切面做连续石蜡切片，观察不同抗性品种之间的组织结构差异，并找出与棉花黄萎病抗性相关的指标；采用SSR分子标记寻找与抗病父本(新海20号)和感病母本(硕丰1号)以及其抗、感池之间的差异条带，筛选出与抗病性相关的SSR引物，为检测棉花黄萎病抗性鉴定体系以及选育抗病品种提供了有价值的理论依据。得出以下结论：1) M37群体中，感病单株占36.07%、M44群体中，感病单株占67.80%、说明M37群体的抗病性明显比M44群体的抗病性高；10Q群体中，相对病情指数与衣分呈极显著负相关，相关系数为-0.759，可以看出随着病情的加剧，衣分明显降低。2)不同抗病性陆地棉品种中，相对病情指数与株高、单株有效蕾铃数呈极显著负相关，相关系数分别为-0.463和-0.473，结果表明，随着病情的加剧，株高、单株有效蕾铃数明显降低；4系列群体中，相对病情指数与株高、单株蕾铃数呈显著负相关，相关系数分别为-0.396和-0.394，结果表明，随着病情的加剧，株高、单株蕾铃数偏低；这些农艺性状指标均可作为抗病性鉴定指标。3)在棉花不同抗病性品种中，接菌前随着病情指数的增高，根表皮细胞平均面积从新海20号的409.3μm2增加到军棉1号的1448.5μm2，而接菌后平均细胞面积增加到692.8μm2-3726.4μm2，结果表明，接菌后感病品种的表皮细胞平均面积增大，从而单位面积的细胞数量减少，细胞间隙扩大，有利于黄萎病菌丝的快速生长发育。4)通过使用16对SSR引物对M37群体抗病父本和感病母本及其后代进行筛选，能扩增出多态性差异条带的标记有BNL1414和BNL3452，因此我们认为这2对SSR引物可作为筛选抗病棉花材料的标记。