与发达国家同类型企业相比,我国高科技上市公司在技术创新、市场开拓、企业盈利等方面都存在显著差距,很多高科技上市公司还徘徊在亏损边缘。褪去高科技的光环,高科技上市公司经营效率究竟如何?其与非高科技上市公司相比是否具有效率优势?哪些因素影响了高科技上市公司的经营效率?对这些问题的深入研究有助于科学评价当前我国的高科技产业发展现状,有助于高科技企业提升经营管理水平。本文在国内外学者关于高科技企业相关研究的文献基础上,分析了高科技上市公司的特征,运用数据包络分析法测算了我国2000年-2006年的深沪两市782家上市公司的效率指标,从中筛选出106家高科技上市公司的经营效率指标(总效率水平、技术效率水平、规模效率水平、全要素生产率、技术进步率)。文章分析了高科技上市公司效率水平的变化趋势,比较了不同行业的高科技上市公司以及高科技上市公司和非高科技上市公司的效率差异。接着,文章构建了由“宏观环境、公司治理和公司运营管理”构成的企业效率影响因素分析框架,遴选出20个效率影响因素。并对20个影响因素进行了描述性统计分析和相关性分析,从中检测出7个显著因素,在此基础上构建了计量模型对综合影响程度进行了定量描述。通过理论分析和实证分析,得到如下结论：(1)高科技企业的年度平均总效率高于非高科技企业的年度平均总效率；高科技企业的年度平均纯技术效率高于非高科技企业的年度平均纯技术效率。(2)电子行业、机械设备和仪表行业、计算机应用服务业、通信服务业、通信及相关设备制造业、医药生物制品行业的高科技上市公司的整体效率水平高于相同行业的非高科技企业。(3)高科技上市公司2002-2006年全要素生产率年度平均增长率为14.7%,比高科技产业的全要素生产率年度平均增长率高,远超过全国大中型企业的年度平均生产率增长水平。计算机及相关设备制造业、计算机应用服务业、农业类公司的全要素生产率年度平均增长速度快于同一行业非高科技上市公司；其余行业的高科技上市公司要素生产率平均增长速度慢于同一行业的非高科技企业。整体上高科技上市公司的技术进步率快于非高科技企业,但同一行业内技术进步差距不大。(4)民营控股的公司的经营效率大于法人控股的公司的效率,而法人控股的公司的经营效率大于国家控股的公司效率。区域市场化程度高的地区的上市公司的经营效率比区域市场化程度低的地区的上市公司的效率高。研发能力与公司的经营效率显著正相关。最后在实证基础上提出了改善高科技上市公司效率状况的建议。