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从基因库中下载桉属EST序列15606条,经序列拼接,发现重叠群和单一EST序列共1568个含有简单重复序列(SSR),平均每2.9kb含有一个SSR,以二核苷酸重复分布最为广泛。共设计了eSSR引物891对,利用尾叶桉×细叶桉作图群体的P1尾叶桉进行PCR条件优化,其中683对引物PCR特异性较好。对扩增产物小于500bp的引物,用P1和/或父本P2细叶桉测序,获得含SSR的标记共185个,其中AG/CT重复约占43.01%,CCG/CGG约占12.37%,基本与SSR在桉属EST中的分布一致。有13条测序成功但无SSR。测序结果中发现存在SSR重复单元和次数的变异。将源EST与测序结果比对,33条测序序列中有内含子。比对结果中,同源性80%以上的有127条,60%以下的仅12条。同源性较高,因此开发的标记可信度较高,可进一步利用。185个引物中,有53个在作图群体的132个子代中有分离,结合前期作图的EST-CAPS标记(Cleaved amplified polymorphic sequence,切割扩增多态性序列),构建了桉树EST标记遗传图谱。尾叶桉图谱含eSSR标记18个,图距总长636cM;细叶桉图谱含eSSR标记27个,总长1231.6cM;整合图谱含eSSR标记33个,总长1560.2cM。经比较,eSSR标记最终在尾叶桉和细叶桉的同源连锁群中有9个同源标记,存在共线性的仅有4个。eSSR标记在两个树种图谱上的排序与整合图谱基本一致,未发生重排,同源标记的功能有待于进一步研究确定。