MicroRNA通过与mRNAs中的3端非编码区域(untranslated region，UTR)作用，引起靶基因的降解或抑制其翻译，最终达到抑制特定基因表达的目的。3UTR的演化可能与其microRNA的结合位点的减少或者增加有关，从而microRNA可以通过对其靶标的影响在生物演化中起到关键性作用。因此可将microRNA看做是一种研究物种演化发育的标签分子。本论文通过对文昌鱼和舌形贝microRNA的测序，分析了microRNA在原始现生物种中的表达差异，为相关动物类群演化起源的研究提供了基础。　　文昌鱼（Branchiostoma lanceolatum）属于头索动物亚门（Cephalochordata）。比较基因组学研究表明，头索动物亚门是现存脊索动物门（Chordata）中最为原始的亚门。文昌鱼做为头索动物亚门现存的唯一代表，对研究脊索动物早期的演化起源具有重要的生物学意义。本论文中，我们提取成体文昌鱼的总RNA，然后以标准方法特异性提取其中的总MicroRNA，运用东南大学自主研发的AG-100高通量测序平台检测成体文昌鱼的microRNA表达状态，通过逐级分析成体文昌鱼与现生尾索动物（Urochordata）和脊椎动物（Vertebrata）、microRNA分布关系，推测出脊索动物门基因组可能拥有let-7a、let-7b、miR-125、miR-34、miR-184、miR-33和miR-210等7个microRNA，为研究脊索动物门microRNA的演化起源提供研究基础。　　腕足动物门（Brachiopoda）是最古老的Bodyplan之一，最早发现于早寒武世，繁盛于志留、泥盆二纪，其后延续至今。多数腕足动物类群现已灭绝，舌形贝（Lingula Bruguire）是仅存的现生腕足动物之一，对探索原口动物与后口动物共同祖先（Protostome-deuterostome ancestor,PDA）的microRNA祖征(Plesiomorphy)状态具有重要的研究价值。本论文中，我们提取成体舌形贝的总RNA,运用东南大学自主研发的AG-100高通量测序平台检测成体舌形贝的microRNA表达状态，逐级分析成体舌形贝与现生触手冠类群（Lophophorata）、冠轮动物（Lophotrochozoa）和所有两侧对称动物的microRNA分布关系。推测出PDA基因组可能拥有let-7、miR-10、miR-133、miR-184和miR-92等5个microRNA，为microRNA在真后生动物（Eumetazoa)亿万年演化历程中的相关变化提供研究基础。　　本论文还在实验过程中尝试使用了一种新型的microRNA高通量检测方式。该方法是一种高通量测序与微阵列芯片的组合技术。在完成文昌鱼的高通量测序之后，利用末端转移酶将文昌鱼microRNA转移上荧光，制备成microRNA探针，利用制备完成的探针，与完成测序的芯片进行杂交，对杂交信号进行捕获，并进行了相关分析，从理论性和操作性两方面论证了该方案的可行性。