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为探索我国小叶锦鸡儿系统发育地理模式，选取内蒙古高原分布的小叶锦鸡儿（Caraganamicrophylla Lam.）8个种群（共157个个体）为实验材料，对其叶绿体DNA的非编码区序列trnL-trnF和psbA-trnH进行测序，通过分析cpDNA序列变异来获得单倍型类型，并计算遗传多样性指标（包括单倍型多样性指数Hd和核苷酸多样性指数π）;分析小叶锦鸡儿种群结构，建立N-J聚类图;基于最大简约标准构建小叶锦鸡儿种内谱系的单倍型网络图，并推测种群间的亲缘关系。主要结果如下: (1)分析小叶锦鸡儿cpDNA非编码区序列trnL-trnF和psbA-trnH测序结果，发现序列总长为1244-1250bp，共检测到三处变异位点，这三个变异位点组合获得五种单倍型:H1、H2、H3、H4和H5，其中含有单倍型H3的样本数最多（共75个个体），含单倍型H2的样本数最少(6个个体)。8个种群总样本的单倍型多样性指数Hd为0.674，核苷酸多样性指数π值为0.00089。 (2)种群遗传分化系数分析结果为Fst=0.38755(P=0.0000)，说明在全部样本中变异来源于种群间的比例占38.755％，变异来源于种群内的比例为61.245％，小叶锦鸡儿遗传变异主要来源于种群内部，但种群间也出现一定程度的分化(38.755％)。 (3)8个小叶锦鸡儿种群共形成了两大单源群，第一个单源群包括分布在乌兰察布市四子王旗、化德县、察哈尔右后旗和锡林郭勒盟正镶白旗、多伦县、镶黄旗的种群;第二个单源群包括分布在锡林郭勒盟东乌旗、呼伦贝尔市新巴尔虎左旗的种群。其中来自乌兰察布市四子王旗化德县和呼伦贝尔市新巴尔虎左旗包含的单倍型类型完全不同，因此分别位于N-J进化树的两端，亲缘关系最远。 (4)呼伦贝尔市新巴尔虎左旗、锡林郭勒盟东乌旗的种群（含H4、H5）处于进化第一阶梯;锡林郭勒盟多伦县的种群（含H3、H4、H5）、锡林郭勒盟正镶白旗的种群（含H2、H3、H4）处于进化第二阶梯;乌兰察布市四子王旗的种群（含H1、H2、H3）处于进化第三阶梯;乌兰察布市化德县、察哈尔右后旗和锡林郭勒盟镶黄旗的种群（含H1和H3）处于进化第四阶梯。