从原位土壤中筛选出对烟草青枯病具有拮抗作用的菌株，将其接种于腐熟有机肥中，通过二次发酵制成生物有机肥，然后进行田间试验以研究生物肥对烟草青枯病的防治效果和对烟株根际土壤微生态的影响，研究结果表明:　　1、从福建烟田病株中分离出强致病性的青枯病原菌，并从原位土壤中筛选出对病原菌具有抑制作用的3株拮抗细菌，抑制作用最强菌株Y1的抑制圈大小达7～7.5mm。将Y1与青C、青D、枯草和Ty-3（实验室已保存的4株拮抗菌）这5株拮抗菌扩大培养后接种于有机肥中制成生物有机肥。　　2、在烟株生育期内，单施生物有机肥或生物有机肥与土壤调理剂配施均提高了烟株根际土壤的微生物总量和土壤脲酶的活性，改善了土壤养分状况，但对土壤过氧化氢酶活性和土壤pH值影响较小。生物有机肥与土壤调理剂的配合施用使烟株青枯病发病率降低了24.4％，病情指数降低了32.6％，同时烤后烟叶外观质量和烟叶品质得到了改善。　　3、烟株发病期，单施生物有机肥和生物有机肥与土壤调理剂配合施用分别使发病株根际土壤放线菌数量增加了745.3％和541.5％，细菌数量降低了52.5％和3.4％以及真菌数量降低了86.1％和9.1％，同时还对发病株根际土壤碱解氮、有机质以及速效磷、速效钾含量产生了一定影响。　　4、通过构建16srDNA文库，结果表明发病根际土壤细菌(T2Bbac)和健康根际土壤细菌(T2bac)两个文库共包含细菌的11个门类，优势菌为变形菌门、酸杆菌门和放线菌门，发病根际土壤真菌(T2Bfun)和健康根际土壤真菌(T2fun)两个文库共包含了真菌的5个门类，优势菌为子囊菌门和担子菌门。多样性分析表明烟株健康根际土壤的细菌、真菌的多样性高于发病根际土壤。