研究以巴州为例，在现场调查和资料收集的基础上，分析研究区生态环境及经济发展现状。运用生态功能区划理论，选取巴州地区代表性评价因子，构建生态足迹、生态敏感性、生态脆弱性、生态系统服务功能指标体系。借助ArcGIS10.1和ERDAS9.1的支持，进行单因素及多因素综合评价，揭示生态足迹、生态敏感性、生态脆弱性、生态系统服务功能的空间分异规律。基于上述结果，进行巴州地区生态功能区划，从自然地理条件、气候特征、典型生态系统类型、区域主要生态环境问题及驱动力、生态敏感性、脆弱性和主导生态服务功能的角度进行特征描述，提出各生态区合理开发与保护的建议。主要研究结论如下:　　(1)巴州地区生态环境脆弱，区域性生态环境问题突出。塔克拉玛干沙漠地区水资源匮乏，植被类型和生态系统类型比较单一，土壤沙化程度严重;土壤侵蚀强度以巴州北部和静县和昆仑山北部最为强烈，主要由于巴州北部人为活动剧烈，坡度较为陡峭，水土流失侵蚀较强所致;其他区域侵蚀程度相对较小，以风蚀为主。　　(2)2009-2014年巴州人均生态足迹保持持续增长状态，其中耕地对增长贡献最大;受资源分布禀赋的影响，高人均生态足迹增长地带主要集中于巴州北部县市，主要包括库尔勒市、和静县、和硕县和焉耆县;从整个时间维度上看，人均生态赤字和生态足迹呈增长趋势，生态承载力保持稳定，巴州处于不可持续发展状态。主成分分析结果显示，巴州生态赤字时间变化趋势主要受快速人口增长、固定资产投资、居民消费水平及农牧民产出的正向驱动，干旱脆弱的生态环境所造成生态承载力较低也潜在起了推动作用。　　(3)研究区不同脆弱性面积呈现极度脆弱＞轻度脆弱＞高度脆弱＞中度脆弱＞不脆弱的特征。以极度脆弱和轻度脆弱为主，极度脆弱主要分布于塔里木河中下游沿线、车尔臣河沿线及塔克拉玛干沙漠中部区域;轻度脆弱区主要沿库鲁克塔格山和孔雀河分布。整体而言，研究区生态环境脆弱化严重，与研究区水资源的匮乏、土地沙化程度高及植物低覆盖度等因素有关。　　(4)研究区生态敏感性面积整体呈现:轻度敏感＞高度敏感＞中度敏感＞不敏感＞极敏感。从生态敏感性综合分布来看，研究区集中表现为轻度敏感、中度敏感和高度敏感，面积分别为52.20×104km2、37.64×104km2和42.50×104km2，占研究区总面积比例的93.27％,其中以轻度敏感分布最广，主要集中在罗布泊荒漠、车尔臣河平原绿洲及阿尔金山北麓山前平原。　　(5)研究区生态服务功能等级面积呈现比较重要＞不重要＞中等重要＞高度重要＞极重要的分布特征，比较重要主要位于昆仑山北部和若羌东部区域;不重要集中分布于塔克拉玛干沙漠，少部分破碎化分布于库木塔格沙漠。整体来看，生态服务功能较高地带集中于巴州北部地区，主要由于巴州北部地区河网相对密集，水文调蓄功能较强，植物生态系统和土壤生态系统多样，生态系统稳定，生态服务功能较强。　　(6)基于ArcGIS10.1“Spatial analysis”功能，结合生态系统类型、生态敏感性、生态脆弱性和生态系统服务功能评价结果，将研究区划分为5个一级生态功能区和18个二级生态功能区，分析各功能区范围、面积、生态功能特点及重要性、生态环境问题和保护方向，为合理开发及保护生态环境提供参考。