陆地棉矮杆资源较少，陆地棉超矮杆是一种新发现突变体材料。本项目组前期对其遗传规律的研究表明，超矮杆突变性状是受一对完全隐性基因du控制的质量性状，遗传方式简单，是赤霉素(GA)合成缺陷型突变体。本文从以下凡方面对该突变体开展了研究。　　 1、采用“新陆早16”和“超矮1号”配制的F2作为定位群体，通过对双亲以及近等基因池的筛选，在1350对SSR引物中共获得70对多态性引物。利用Join Map4.0软件分析并构建连锁群，其中36个标记可以连锁，分别分布在8个连锁群上，其中超矮杆突变性状位于连锁群LG01。与目标基因du连锁的分子标记有7个:NAU2679、NAU2749、NAU905、NAU2838、NAU5373、NAU2238和NAU4946，它们皆为共显性标记。参照Guo等棉花遗传图谱，标记NAU4946、NAU2238、NAU905、NAU5373和NAU2679位于第6染色体上。目标基因du位于NAU2238和NAU4946之间，遗传距离分别为3.5cM和1.5cM。由此推定du在第6条染色体上。　　 2、“超矮1号”为GA合成缺陷型突变体。以“超矮1号”突变型与其野生型为试验材料，通过qRT-PCR技术对GA生物合成途径中的关键酶基因的表达进行分析，发现超矮突变体的发生主要与合成GA的3个关键酶基因的下调表达密切相关:内根-贝壳杉烯氧化酶(KO)，突变体比野生型的cDNA的表达量只有野生型的10.4％。古巴焦磷酸合酶(CPS)，突变体表达量只有野生型的26.3％。(3)内根-贝壳杉烯酸氧化酶(KAO)，突变体表达量只有野生型的25.3％。　　 3、通过对其中下调表达最明显的关键酶基因KO的cDNA片段进行测序，得到了一个大小为79bp的序列。以该序列作为查询探针，与其他作物中的mRNA序列进行tblastx比对，结果显示该序列与赤霉素合成途径中的内根-贝壳杉烯氧化酶(KO)的mRNA序列有很高的同源性。挑取蓖麻（Ricinus communis）、板栗（Castaneamollissima）、毛果杨（Populus trichocarpa）、玉米（ZEA）、莴苣（Lactuca sativa）、水稻（Oryza sativa）、甜菊（Stevia rebaudiana）、笋瓜（Cucurbita maxima）、苦瓜（Momordica charantia）、咖啡（Coffea）、草莓（Fragaria）和拟南芥（Arabidopsisthaliana）的相似氨基酸序列与原EST序列(DT574281)对应的氨基酸序列进行比对。结果表明，通过该序列设计的引物位于保守区域，间接证明了该引物设计的合理性，从而为下一步在棉花中克隆该关键酶基因全长奠定了基础。