鲆科鱼类的分类阶元和系统进化存在着不同的观点。这些观点主要是采用形态学和线粒体基因片段的研究方法，而鲜见有线粒体全序列数据。本研究基于形态上的差异，选取宽额缨鲆（Crossorhombus valderostratus）、大口长颌鲆（Chascanopsetta lugubris）、纤羊舌鲆(Arnoglossus tenuis)、冠毛鲆（Lophonectesgallus）和大斑鳒鲆（Psettina iijimae）作为鲆科鱼类的代表种，首次扩增并测定了这五种鲆的线粒体基因组，并对它们的基因组结构和特征比较分析。结果显示:五种鲆科鱼类的基因组全长分别为16，790 bp，17，251 bp，17，556 bp，18，642bp和18，080bp，其线粒体基因组构成与典型硬骨鱼类的相同，但是其基因排序发生了高度的基因重排:由轻链编码的ND6和7个tRNA（Gln，Ala，Cys, Tyr,SerUCA，Glu，Pro）移位至Thr和Phe之间，并且由重链编码的Asp也发生了移位。此外，五种鲆科的控制区也存在着差异。　　通过与基因排序没有变化的新西兰盾吻鲽（Peltorhamphus novaezeelandiae）的线粒体基因组数据进行比较分析，本研究发现基因重排并没有影响这五种鲆类的线粒体全序列及其各类编码基因的碱基组成和偏倚性。通过进一步的分析，本文提出用类似复制-非随机丢失模型来解释鲆科鱼类的基因重排现象:首先是整个典型硬骨鱼类的线粒体基因组发生串联重复，形成一个环状二聚体，随后其中一套转录启动子失去功能，导致它们转录的基因的丢失，之后是Asp的移位和其中的一个控制区的退化，最终，形成它们现有的基因排序。　　结合目前GenBank上以及本实验室测定的线粒体基因组数据，选取鲹科的珍鲹和甲若鲹作为外类群，利用最大似然法和贝叶斯推断构建了11个科52种鲽形目鱼类的系统发生树。结果表明:鲆科鱼类聚为一支，支持鲆科是单系的观点，此外，除羊舌鲆属外，鲆科其他各属均呈现单系性。在鲆科的聚类关系中，长颌鲆属和左鲆属的亲缘关系较近。在科级分类阶元上，牙鲆科与鲽科的系统发育关系比鲆科更为密切。但是，由于多数鲆科以及鲽形目的其他科属鱼类的线粒体全序列尚未测定，所以本研究还不能全面和精确地反映鲽形目的系统进化关系，因此对于鲆科鱼类的分类阶元及其在鲽形目中的系统进化关系还需要进一步的研究。