从新疆猪场采集发病仔猪脏器及血清,制作病理切片;用RT-PCR诊断试剂盒对组织样品进行检测,目的是检测PRRSV的Nsp2(1594～1680)变异株;应用ELISA试剂盒检测PRRSV抗体效价,结果均为PRRSV阳性。将阳性病料接种于Marc-145细胞,经过3代盲传,出现了典型的细胞病理变化(CPE),经RT-PCR诊断试剂盒验证为PRRSV,最后分离出新疆PRRSV毒株,分别命名为XJ-a、XJ-b、XJ-c株,分离毒株在Marc-145细胞第三代分别为10-5.33TCID50/0.1mL、10-5.88TCID50/0.1 mL、10-5.46TCID50/0.1 mL,荧光抗体检测阳性。参照Genbank上发表的美洲型毒株ATCC-VR2332的Nsp2 (1062bp)和ORF5(603bp)的两段基因序列,分别对这两段基因设计特异性引物P1/P2,P5/P6,建立猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) Nsp2和ORF5基因的RT-PCR方法,对Nsp2和ORF5片段进行扩增,分别从三份PRRSV毒株均获得了PRRSV Nsp2的1062bp和ORF5的603bp的基因片段。将扩增得到的PCR产物纯化后分别连接到PUCm-T载体上,转化到大肠杆菌DH5α中,增菌培养后,挑选阳性克隆,重组质粒进行PCR鉴定和双酶切后送生物公司测序。用DNAStar软件分析XJ-a、XJ-b、XJ-c三个毒株的Nsp2和ORF5序列,这三个毒株两段核苷酸序列与北美洲标准株VR2332和国内美州型毒株的Nsp2和ORF5基因的核苷酸序列同源性进行比较,序列比较结果表明所获得Nsp2基因序列与国内美州型毒株核苷酸的相似性为77.2%～98.6%,与VR2332株的相似性77.6%～78.7%,与LV株的相似性为42.5%～43.8%;获得ORF5基因序列核苷酸与VR2332株的相似性为86.6%～87.2%,与LV株的相似性为56.1%～56.4%,与国内美州型毒株的相似性为85.7%～99.2%。表明新疆PRRSV毒株与北美洲毒株有较近的亲缘关系,且新疆毒株与近两年发表的江西、山东、河南、湖南毒株Nsp2和ORF5序列的同源性均达到96%以上。