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近二十年，手足口病在我国儿童中的发病率呈上升趋势。而肠道病毒71型（Enterovirus71，EV71）作为手足口病的主要病原，其致病机制和免疫应答机制尚未阐明。本实验对2011年分离自广州并保存于本室的 EV71毒株进行全基因组序列测定，并对其进化特点进行分析。 疫苗是控制传染病流行最为有效而经济的手段。目前，虽然已经开展多种 EV71疫苗的研究，并取得了一定进展，但是至今仍未开发出有医药应用价值的疫苗。因此，本研究进一步克隆了该 EV71毒株的 VP1基因片段，并在我室已成功构建的柯萨奇病毒（Coxsackievirus B3，CVB3）感染性载体基础上，利用克隆到的 EV71 VP1片段来代替CVB3感染载体的 VP1基因片段，以期获得表达 EV71 VP1的重组病毒，为 EV71疫苗研究提供新的思路。 主要研究方法： 1.将标本处理后，取上清接种到人横纹肌肉瘤 RD细胞进行扩增，扩增之后的病毒通过细胞培养蚀斑法纯化； 2.提取病毒 RNA，采用反转录合成病毒cDNA，设计的9对引物对 EV71毒株全基因组进行克隆，并在此基础上对该毒株全基因组（未包括多聚腺苷酸尾）进行核苷酸序列的测定； 3.参考 EV71各型别的代表株以及中国大陆其它地区测定的 EV71病毒序列，应用Bioedit、 Mega、 SimpLot等生物学软件对该毒株的全基因组及各区段的核苷酸及氨基酸序列进行系统的分析； 4.对保存在本实验室的 EV71毒株进行测序、分析的基础上通过PCR的方法克隆出VP1蛋白的编码序列； 5.本实验室前期已构建CVB3感染性载体，并成功包装出病毒，经过验证为减毒株。本研究通过酶切连接的方法，利用EV71的 VP1编码序列置换出 CVB3感染载体中原有的 VP1编码序列； 6.对重组质粒进行真核细胞转染，用蛋白质印记法检测转染细胞中EV71 VP1蛋白表达。 研究结果： 1.根据测序结果，成功拼接出该 EV71毒株的基因组全序列，命名为 EV71 IM11株，并已被 GenBank收录，登录号为 KM673244； 2. IM11毒株的基因组具有肠道病毒基因组的基本特征，全长7408个核苷酸（nucleotide，nt），其中5端非编码区743nt，3端非编码区89nt，两个非编码区之间为6579nt长的单个开放阅读框，编码含2193氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见有核苷酸的插入或缺失； 3.通过进化分析得知 IM11株为 EV71 C4a基因亚型，并和分离于佛山的一株病毒有较高的同源性； 4.通过进化分析，推测在我国 C4a基因亚型有两种进化趋势； 5.克隆出 EV71 VP1基因，并利用酶切连接的方法，成功地用EV71 VP1代替 CVB3 VP1，构建出重组质粒； 6.利用蛋白标记方法检测出重组质粒在真核细胞中有 EV71 VP1蛋白的表达。 结论： 本研究获得2011年分离自广州保存于本室的 EV71毒株全基因组序列，并将该毒株命名为 IM11。经核苷酸序列同源性比对和进化树分析，证实其为 C4a型，明确了本室所使用EV71毒株的遗传学背景，为今后的研究工作提供了可靠的实验数据；同时发现IM11株全基因组序列有发生型内重组的可能性。此外，本研究成功构建出表达 EV71 VP1蛋白的重组载体，为后续的 EV71载体疫苗研究提供了实验基础。