伴随着高校规模的不断扩大，很多高校推行校、院两级管理体系。在这种两级管理体制中，二级学院享有相当大的教学、科研及行政事务的管理权。如何建立科学、合理、规范的高校二级学院管理体系，促进和激励二级学院自身的管理和发展，努力适应新形势下高等教育发展的客观要求，已成为高校管理工作面临的一个主要问题。基于此种背景，本论文提出了在高校二级学院中推行绩效管理模式，具有一定的理论意义和积极的现实意义。　　 首先，本文从组织绩效理论出发，构建高校二级学院的绩效管理模式，该模式包括绩效目标设定、绩效组织与实施、绩效评价、绩效评价的改进与应用四部分。在设定绩效目标环节，从二级学院的内涵出发，分析了二级学院存在的价值与意义。对于不同高校的定位进行了界定，将在国内与同类院校比较的教学科研型学院作为本论文的研究对象。通过对于二级学院的定位，明确该类二级学院发展的战略目标，根据战略目标来制定学院主要工作目标，具体的绩效指标的设定围绕着工作目标而展开。　　 其次，在绩效考评环节，本文提出了从效益和效率两个方面对二级学院进行综合绩效评价的观点。在效益评价中，引入平衡计分卡理论，将二级学院主要的工作任务按照不同的性质分置于平衡计分卡的四个维度，并按照绩效目标设定的目标值来进行考核。在效率评价中，引入了数据包络分析，通过构建二级学院的投入产出指标，借助DEAP专业软件来评判二级学院运作管理在高校内部是否相对有效率。最后，本文对GY大学进行了案例研究，对其下属17所学院三年的投入与产出数据进行了效率评价与分析，并对没有效率的二级学院提出了具有针对性的整改建议。　　 最后，阐述了高校二级学院的绩效评价结果在实际工作中的应用。本文认为，可以将高校二级学院的绩效评价结果作为高校预算分配的依据，力求做到绩效评价与预算分配相挂钩，以此来激励二级学院努力提高自身的办学水平。