能源作为一种战略性资源,是一个国家经济增长和社会发展的“经济血液”。当前,世界各国对化石能源的消费量不断提高,依赖性也不断增强,但其储量却在日益减少,石油价格更是长期呈现长期上升趋势。我国是能源消费大国,能源供给长期以来主要依靠化石能源,而化石能源资源的有限性及其开发利用过程对环境生态造成的影响和破坏,严重制约了经济社会的可持续发展。开发清洁的可再生能源已成为我国能源领域一个十分紧迫的课题。国家十二个五年规划中明确要求“加快开发生物燃料”。并在推进社会主义新农村建设政策中提出具体措施：即“以生物能源、生物基产品和生物质原料为主要内容的生物质产业,是拓展农业功能、促进资源利用的朝阳产业”,“启动农作物秸秆固化成型燃料试点项目”,“鼓励有条件的地方利用荒山、荒地等资源,发展生物质原料作物种植”等。发展生物燃料产业不仅能够缓解化石能源供应紧张局面,优化能源结构,建立稳定的能源体系；也有利于改善和保护生态环境,建立资源节约型和环境友好型社会；同时还能够拓展农业功能,促进区域经济与农民增收,进一步改善农民生产生活条件。但当前国内外对生物燃料方面的研究多侧重其技术可行性及成本效益分析,而对发展生物燃料所带来的生态环境影响缺乏较系统性的研究。本文首先将运用可持续发展理论、循环经济理论及产业结构优化升级理论为生物燃料产业的发展建立理论基础；其次,将进行生物燃料的生态工程相关技术分析,然后,从环境保护角度系统和全面地阐释发展生物燃料巨大的生态效益及可行性和必要性；再次,提出生物燃料生态工程发展的新路径,评估我国农林资源潜力和发展生物燃料产业对农林资源的影响；最后提出相关政策建议。