近年来,国家对科技创新越来越重视,一直不断加大对科研经费的投入,同时也一直在完善和改进相关的政策法规,为科研活动的良好发展提供了有力的资金保障,保证了我国科研活动的蓬勃发展。高校作为科研经费的使用主体,是国家科技发展的坚实力量,高校科研经费能否高效使用对国家科技能否蓬勃发展也就起着非常重要的作用。但是近年来科研经费的使用曝出来的问题层出不穷,除了国家现有制度的不完善,主要还是由于科研经费的内部控制不够完善。本文结合2014年出台的行政事业单位内部控制规范和2016年最新的科研经费管理意见,结合国内外已有的研究现状,以内部控制、预算管理、绩效评价等理论为基础,运用理论分析、案例研究等相结合的方法,首先从理论层面上介绍了内部控制的演变和发展,以及科研经费的基本概念,然后从一些数据和政策分析以及已曝光的案例,总结了高校科研经费内部控制现状,国家现有的政策制度及其发展趋势,总结出现有高校科研经费内部控制方面存在的问题,分析其原因所在,再以A高校为例,发现其在科研项目中各环节出现的内部控制问题,并提出相应的建议。本文通过研究发现,目前我国高等院校科研经费管理制度不够完善,管理办法过于杂乱,缺乏相应的评价、激励和完善的监督机制。其次,在科研经费的关键控制环节缺乏有效的内部控制,如预算编制过于随意,缺乏专业指导;经费报销环节缺乏严格的内部审批机制,存在套取经费的问题;经费决算环节缺乏考核措施,不能形成良好的激励,同时也缺乏对应的惩罚措施;经费的监督不到位,重事后监督而轻事前和事中监督等。针对发现的问题,提出了相应的建议,首先是完善科研经费管理体制,其次是要加强单位层面和业务层面的内部控制措施,使得涉及到科研项目的各部门之间沟通更加频繁,重点强化预算管理、支付管理、结题管理等环节的控制活动,降低高校科研经费使用的风险,提高高校科研经费的使用效率,希望对A高校科研经费的有效管理提供参考,并对高校内部控制的治理及科研经费朝着健康方向发展提供一定的参考。