本文分为四个部分。第一部分,阐述乾隆五十二年以前,福建满洲驻防的设置过程,八旗力量之消长。这一过程可分为三个阶段,顺治三年到十七年,由于满人兵力不足,清廷只能以汉军和绿营为主力,驻防福建;顺治十七年至康熙十三年,为抗衡台湾郑氏,保护满兵,清廷以夷制夷,将耿精忠部派驻福建;三藩之乱后,耿氏败亡。为控驭耿藩残部,加强对福建的控制,替补驻防真空,康熙十九年,清政府在福建正式派驻了八旗军队,最终实现了清廷早在顺治初年就试图在福建建立满洲驻防的夙愿。福州将军及其驻防军队最终成为清廷在东南最为信任、倚重的军事力量。第二部分,林爽文起义后,清廷改变以前以绿营将领为主帅平台的格局,任命满人常青为钦差大臣,统领全局。具体处理方式是命其以福州将军印来行使台湾最高军权。此后,清廷将这一措施制度化,嘉庆十一年镇压蔡牵起义,道光十二年镇压张丙起义,清廷采取相同政策,分别任命赛冲阿和瑚松额为福州将军,携印渡台,统一指挥参加平定起义的各省绿营军队,建立了台湾满洲战时体制。第三部分,从福州将军留台处理善后的政治实践中,清廷认识到福州将军发挥的巨大作用,最终将这一临时性措施转化成有福州将军参与的巡台制度,取代了康熙末年建立的御史巡查体制。而福州将军在众多巡查台湾官员中,地位特殊。每逢台湾经历大乱之后,为稳定战后混乱的局势,清廷必派福州将军赴台,大力度的整顿台湾班兵,审察绿营将领。第四部分,晚清,汉族地主势力抬头,地方政局发生变化。福建、台湾地区成为淮系官员进行洋务运动的重要基地,淮系最终控制了福建地方政局。福州将军在台湾成为洋务派的助手,事事为其马首是瞻。福州将军在台地位下降,清廷在台湾建立的满洲军事体制走向解体。