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本文采用吉林38(编号3)、意3(编号6)和吉林47(编号19)三种大豆材料作为亲本，按照Griffing的完全双列杂交设计进行田间杂交，获得6个杂交组合。以3个亲本及6个杂交组合作为实验材料，通过室内考种与基于MethylRAD技术进行全基因组甲基化检测所得的甲基化水平与遗传变异情况进行研究，探讨大豆未成熟籽粒DNA甲基化与大豆杂种优势之间可能存在的相关关系，结果如下：
1.6个杂交组合中，综合所有12个性状，3和6正反交组合中亲和超亲优势最强，6和19正反交组合优势最弱，3和19正反交组合优势中等；在所有12个性状中，分枝数、单株粒数、单株粒重和单株荚数的中亲优势最强，虫食粒率、株高、底荚高度和百粒重的优势最弱，茎粗、节数、脂肪和蛋白质优势中等，超亲优势与中亲优势规律相似，仅顺序有微小不同。综合各性状表现，6×3组合杂种优势表现最好。
2.对大豆未成熟籽粒DNA甲基化水平与遗传变异情况进行分析，发现9份材料DNA甲基化水平均较高且存在差异，甲基化变异可分为3类：A类是亲本去甲基化子代甲基化(18.33%-28.73%)；B类是亲本甲基化子代去甲基化(18.38%-27.12%)；C类是亲本和子代均甲基化，但甲基化水平存在差异(52.59%-58.54%)。
3.杂种优势强的组合杂种甲基化位点数以及甲基化水平一般介于双亲之间；优势中等的组合杂种甲基化位点数及甲基化水平低于双亲；优势弱的组合杂种甲基化位点数低于双亲，甲基化水平在CCGG位点处低于双亲，但在CCWGG位点处高于双亲。由此，甲基化位点数介于双亲之间对提高杂种优势有利，杂种甲基化水平在CCWGG位点处高于双亲可能导致杂交组合优势变小。
4.大豆未成熟籽粒DNA甲基化与杂种优势总体有一定相关，但仅有少数相关显著或极显著。从中亲优势上看，B类型与底荚高度呈极显著负相关，与节数及茎粗均呈显著负相关，从超亲优势上来看，A类型与底荚高度呈显著正相关，与百粒重呈极显著负相关；B类与节数呈极显著负相关，与底荚高度及茎粗均呈显著负相关。
1.6个杂交组合中，综合所有12个性状，3和6正反交组合中亲和超亲优势最强，6和19正反交组合优势最弱，3和19正反交组合优势中等；在所有12个性状中，分枝数、单株粒数、单株粒重和单株荚数的中亲优势最强，虫食粒率、株高、底荚高度和百粒重的优势最弱，茎粗、节数、脂肪和蛋白质优势中等，超亲优势与中亲优势规律相似，仅顺序有微小不同。综合各性状表现，6×3组合杂种优势表现最好。
2.对大豆未成熟籽粒DNA甲基化水平与遗传变异情况进行分析，发现9份材料DNA甲基化水平均较高且存在差异，甲基化变异可分为3类：A类是亲本去甲基化子代甲基化(18.33%-28.73%)；B类是亲本甲基化子代去甲基化(18.38%-27.12%)；C类是亲本和子代均甲基化，但甲基化水平存在差异(52.59%-58.54%)。
3.杂种优势强的组合杂种甲基化位点数以及甲基化水平一般介于双亲之间；优势中等的组合杂种甲基化位点数及甲基化水平低于双亲；优势弱的组合杂种甲基化位点数低于双亲，甲基化水平在CCGG位点处低于双亲，但在CCWGG位点处高于双亲。由此，甲基化位点数介于双亲之间对提高杂种优势有利，杂种甲基化水平在CCWGG位点处高于双亲可能导致杂交组合优势变小。
4.大豆未成熟籽粒DNA甲基化与杂种优势总体有一定相关，但仅有少数相关显著或极显著。从中亲优势上看，B类型与底荚高度呈极显著负相关，与节数及茎粗均呈显著负相关，从超亲优势上来看，A类型与底荚高度呈显著正相关，与百粒重呈极显著负相关；B类与节数呈极显著负相关，与底荚高度及茎粗均呈显著负相关。