由于商业秘密具有高科技性和复杂性等特征，只具备法律知识的法律工作者必须依据司法鉴定来审理此类案件，从而导致司法机关过度的依赖鉴定意见。在一些商业秘密案件中，法官仅依鉴定意见便轻易下定论，庭审完全成为走过场。与此同时，对商业秘密案件中的司法鉴定程序进行规范的法律条文尚不完善，由此导致实践中存在诸多问题，那么鉴定意见的准确性与公正性自然受到影响。若是法官轻易的把鉴定意见作为定案证据，势必会造成错案的大量出现。在2014年10月召开的中共十八届四中全会上，全面推进依法治国被纳入日程。在法治之风吹遍全国各地之际，有关商业秘密司法鉴定在实践中存在的各种问题也应得到我们的重视。因司法鉴定的失范而导致的商业秘密错案影响甚大：对于企业来说，很可能存在“（司法鉴定）一步错而企业倒”的情况，这是对私的合法权益难以挽回的重创；而从更大的层面来看，这更切实地关系着我国社会经济的繁荣兴盛。在新修改的《民事诉讼法》和《刑事诉讼法》中，鉴定制度不完善的情况得到了一定的改善，但是问题仍然存在。为了保障商业秘密权利人的权益，维护社会的稳定、经济的繁荣和司法的正义，必须对商业秘密司法鉴定中存在的相关问题进行深入的研究。本文共包含三大部分（除去引言和结论），笔者在写作本文时采用了案例分析法，首先在引言中介绍了商业秘密侵权案件中的一个典型案例——鑫富公司诉新发公司侵犯商业秘密案，从而引出了本文所要讨论的主要问题，即我国有关此类案件的司法鉴定的法律规定尚不完善，且在实践中存在各种各样的问题，为了社会的稳定，必须对这些突出的矛盾进行解决。第一部分中介绍了有关商业秘密司法鉴定的一些基本概念，研究此类案件司法鉴定方面的问题前必须要先弄清什么是商业秘密以及司法鉴定的范围、对象包含哪些方面，同时对于鉴定中的权利损失数额的标准问题进行了详细介绍。在了解了基本概念的前提下，在第二部分主要是通过详细分析本文所引的典型案例来介绍目前我国商业秘密司法鉴定的程序中存在的一些问题，诸如在鉴定人或鉴定机构的选择上的问题、有关鉴定意见的质证问题还有重复鉴定的问题等，这些问题在目前来说是最为突出的。在探讨这些问题存在的原因和产生的影响的同时，介绍了与之相应的其他国家的先进制度和审判经验，我国可以吸取其中的精华部分来完善自己的制度。最后，在第三部分中，笔者结合我国的问题，联系外国的经验，提出了能够对我国商业秘密司法鉴定制度起到完善作用的几点建议。首先要在立法上进行完善，然后有关司法鉴定的科学鉴定标准也应齐备，最后要对我国现有的专家辅助人制度进行完善，使之发挥最大的价值。希望我国实践中存在的有关商业秘密司法鉴定的种种问题能够尽早的得到解决。