自1983年我国成立审计机关以来，政府审计在我国经历30多年的艰难探索，目前已经踏上了现代化发展的道路，但是如果将我国当前的审计发展情况与世界级的领先水平相提并论的话，仍然有着较大的距离。最突出的是，象征着国家审计发展水平的政府绩效审计尚未得到国际公认。因此，探析政府绩效审计，特别是基层绩效审计以及改革基层绩效审计迫在眉睫。开展绩效审计工作是对国家公共财政的高度负责，也是对领导干部权力进行监督和制约的有效形式。而改革绩效审计的意义则在于促进行政事业单位加强内部控制，有利于促进廉政建设，有利于推进依法行政，有利于完善干部激励与约束机制，有利于选拔干部、考核干部、任免干部。本文通过对政府绩效审计的阐述，同时借鉴两个发达国家的政府绩效审计的典型案例，来剖析温州市基层绩效审计当前所存在的各类问题，并针对相关问题，从体制改革、机制改革和过程控制三大方面提出对策。在体制层面深化部门职能转变、理清责任认定界限、试行审计垂直管理；在机制层面健全风险导向机制、构建动态激励机制、完善权力约束机制、创新人才选拔机制；在操作层面高度重视审前调查、多种手段实施审计、加强审计回访工作等等。