黄萎病是由土传病原真菌大丽轮枝菌（VerticilliumdahliaeKleb）所引起的一种病害，并且是一种引起很多作物严重经济损失的重要病害。由于大丽轮枝菌具有宿主范围广、能够产生微菌核等特点，所以对其防治比较困难。实际应用中，黄萎病的防治一般使用化学制剂，但是化学制剂会造成严重的环境污染。随着人们对环境问题的逐渐重视，可以替代化学制剂的生防制剂逐渐被应用。　　在前期研究中，本课题组从棉花植株内分离得到的解淀粉芽孢杆菌41B-1和铜绿假单胞菌841P-3对大丽轮枝菌具有显著的抑制作用。本实验通过筛选这两种生防菌的利福平抗性突变体即41B-1R和841P-3R，用作进一步实验研究。解淀粉芽孢杆菌41B-1R和铜绿假单胞菌841P-3R能够在小麦、玉米、大豆和水稻的根内定殖，且41B-1R比841P-3R具有更稳定的定殖能力。但是，41B-1R、841P-3R在不同的农作物中定殖能力有所不同。　　在温室实验中，通过接种病原菌V107以及41B-1R或841P-3R到棉花根围土壤中，进而研究土壤微生物群落结构的变化、生防菌41B-1R和841P-3R的定殖能力及生防效果。本实验将平板分离法与PCR-DGGE相结合来考察棉花根围土壤中微生物群落数量和结构的变化。利福平抗性平板分离实验发现:41B-1R和841P-3R能够在土壤和棉花根内定殖，且随着时间增长其定殖数量都有所下降，但41B-1R定殖数量下降幅度较小。与在其他作物中一样，在土壤及棉花根内41B-1R比841P-3R具有更强的定殖能力。　　平板分离实验结果表明:假单胞菌841P-3R以及病原菌V107在短时间内减少了棉花根围土壤中可培养细菌的数量，但增加了可培养真菌数量且作用时间较长;然而芽孢杆菌41B-1R对于可培养细菌和真菌的影响并不显著。生防菌与病原菌处理对可培养细菌和真菌的影响随着时间的变化最终基本消失。细菌DGGE图谱表明:处理后一周，病原菌V107显著地影响了细菌群落结构，在此基础上接种841P-3R时这种效应会有所减弱，但接种41B-1R这种效应并没有减弱;而处理后三周，这些处理对细菌群落结构都没有显著影响。真菌DGGE图谱表明:处理后一周，存在V107并接种41B-1R或841P-3R对真菌群落的影响与单独接种V107相似，这种现象与对细菌群落结构的影响是相反的。然而处理后五周，这两个处理相对于单独接种V107对真菌群落的影响更显著。生防菌41B-1R或841P-3R与V107分别对芽孢杆菌群落结构以及假单胞菌群落结构的影响与对细菌群落结构影响较为相似。　　温室实验中对黄萎病的发病情况进行了统计，发现生防菌41B-1R和841P-3R都具有显著的防效。并且通过荧光定量PCR测定土壤中的大丽轮枝菌含量表明:生防菌41B-1R和841P-3R都能够显著减少棉花根围土壤中大丽轮枝菌的含量，这与生防菌的生防效果相一致。