开花时间是植物受光温敏感性导致的，也是植物长期进化过程中形成的特性。大豆是典型的短日照作物，其开花时间对日照十分敏感，研究大豆开花时间对于大豆生长具有重要意义。因而，挖掘开花时间基因及其分子机制对大豆生产具有重要作用。目前，有关大豆开花期基因的报道较少，远落后于拟南芥等模式植物，主要表现在:1)虽然连锁分析和关联分析报道的大豆开花期QTL较多，但是经功能验证的基因很少;2）虽然利用全基因组测序与重测序信息发掘了许多驯化候选基因，但是与开花期性状关联的报道很少。为此，本研究利用RAD测序技术对119份大豆育成品种、153份地方品种和14份野生大豆进行重测序，并观测这些材料的开花期性状，从以下几个方面进行分析。首先，通过对上述三个大豆亚群的遗传多样性分析、中性检验（TajimaD检验）以及FST值和ROD值计算，鉴定与开花时间相关的驯化基因;其次，利用286个大豆材料的SNP和开花期信息，进行全基因组关联分析，以挖掘开花期相关的候选基因，剖析其遗传基础;最后，利用单个SNP与进化类型（野生、地方及育成大豆）的x2独立性测验、野生和栽培种质之间等位基因频率显著性差异的U测验和FST值筛选出驯化相关位点，并将这些位点与大豆开花期及种子大小相关驯化性状进行关联，鉴定出其驯化基因，并推测其分子机制。主要结果如下:　　1、大豆种质资源遗传多样性分析、驯化分析和开花候选驯化基因的鉴定　　重测序获得了106013个SNPs，其中61.5％（65200个）的SNPs位于基因内部或者基因2kb范围内;在25100个稀有SNPs中（频率＜5％），野生大豆包含4389个特有SNPs，而育成大豆仅包含702个特有SNPs，这表明大豆驯化丢失了较多特有SNPs。利用群体结构分析、主成分分析和进化树分析，将286份种质资源分为4个亚群;在50kb范围内，野生大豆LD衰减速度显著快于地方与育成品种。　　根据野生大豆、地方品种和育成品种群体多样性指标π和θ的计算结果，表明栽培大豆遗传多样性在驯化过程中被降低;中性检验发现，地方品种和育成品种群体的总TajimaD值均高于野生大豆，表明栽培大豆经历了一次较近的群体扩张事件;利用Tajima|D|＞2，筛选出166个驯化区域，鉴定出1344个候选基因;利用FST＞0.45和ROD＞0.98，筛选出45个驯化区域，鉴定出241个候选基因。　　GO富集分析识别出96个候选基因参与调控开花时间相关的4个生物过程;96个进行基因大豆表达谱分析识别出54个在花组织中高表达的候选基因，其中6个与拟南芥开花时间基因同源，推测这些同源基因的调控机制。利用基因共表达分析鉴定出:12个大豆基因与拟南芥同源的4个候选基因的共表达关系是高可靠性的;54个候选基因中的14个基因是调控开花时间的关键基因。　　2、大豆开花时间的全基因组关联分析　　全基因组关联分析依据-log10P≥3的筛选标准，在2010～2012三年中分别检测到2479、2053和4476个显著的始花期关联SNPs，2456、2698和4413个显著的盛花期关联SNPs。两个性状都显著关联SNP标记有987个。　　987个标记的LD区域内有1483个候选基因，对这些候选基因进行大豆表达谱分析识别出684个在花组织中高表达的候选基因;对这684个基因进行GO富集分析，识别出两个与开花相关的生物过程包含25个候选基因。将这25个候选基因与拟南芥基因进行同源比对，发现6个拟南芥开花时间基因，其中5个基因是包含MADS-box结构域的转录因子家族蛋白，1个基因是包含CYCLING DOF结构域的转录调控因子。这6个基因调控大豆开花时间的机制可能与拟南芥相似。　　3、大豆开花时间的驯化位点与分子机制　　利用106013个SNP标记进行x2独立性测验、U测验和Fst统计，鉴定出分布在10条染色体上的48个驯化相关位点，其中染色体11和15占了52％，表明驯化位点在基因组上分布的不均匀性。　　将这48个位点与大豆开花时间性状进行关联分析，鉴定出6个驯化位点是与开花时间关联。利用大豆基因组信息，识别6个候选基因与这6个驯化位点紧密连锁;利用大豆表达谱数据分析，识别出5个驯化基因在花组织中高表达。　　开花时间驯化基因Glyma11g18720与拟南芥抑制FLC（与Glyma05g28130同源）基因表达并促使开花时间提前的OTLD1基因同源;利用大豆表达谱数据，对Glyma11g18720（x1）和Glyma05g28130（x2）进行了(y)=b0+b1x1+b2x2+b12x1x2回归分析，发现5个与拟南芥开花基因同源的大豆基因是与这两个基因显著相关的，可能通过光信号途径来调控开花时间。