本研究以荷斯坦牛为对象，研究与奶牛乳房炎相关的BoLA-DRB3基因、TLR1基因和TLR6基因的单链核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNPs)及其与体细胞评分(somatic cell score，SCS)之间的关系。　　 所有荷斯坦牛均来自河北省4个牛场，其中母牛489头，公牛40头。采用内切酶BstYⅠ检测BoLA-DRB3基因外显子2的RFLP，采用PCR-SSCP技术分析TLR1基因和TLR6基因的SNPs。用最小二乘法分析RFLP及SNPs与SCS之间的关联性。结果表明：　　 （1）在荷斯坦母牛群中，BoLA-DRB3基因经BstYⅠ酶切产生3种基因型AA、AB和BB，其频率分别为0.078、0.380和0.542；荷斯坦公牛经BstYⅠ酶切产生2种基因型AB和BB，其频率分别为0.250和0.750；荷斯坦母牛和公牛在该酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（母牛：χ2=0.45，p=0.799；公牛：χ2=0.82，p=0.665）；最小二乘法分析不同基因型母牛SCS之间的差异显示，AA基因型SCS均值极显著低于AB基因型均值（p=0.0098），极显著低于BB基因型均值（p=0.00009）；AB基因型SCS均值极显著低于BB基因型均值。（p=0.0096）；对乳房炎抗性而言，AA是最有利基因型，BB是最不利基因型。　　 （2）TLR1基因mRNA序列中存在G1409A、A1475C、G1550A和G1596A四个突变位点，其中G1596A突变使异亮氨酸变为缬氨酸。BsiYⅠ酶切G1409A突变位点产生AA和AB基因型，其频率分别为0.375和0.625；BstXⅠ酶切A1475C突变位点产生CC和CD基因型，其频率分别为0.178和0.822；BsiYⅠ酶切G1550A突变位点产生3种基因型EE、EF和FF，其频率分别为0.236、0.370和0.394；BclⅠ酶切G1596A突变位点产生3种基因型GG、GH和HH，其频率分别为0.260、0.567和0.173。将χ2检验，荷斯坦母牛在上述4个位点仅G1596A处于Hardy-Weinberg平衡；关联分析显示，HH基因型的SCS均值极显著低于GH基因型均值（P<0.01），极显著低于GG基因型均值（P<0.0001），GH基因型的SCS均值极显著低于GG基因型均值（P<0.01）。　　 （3）TLR6基因mRNA序列中存在6个多态位点T853A、G855A、G1793A、C1859A、G1934A和A1980G，其中T853A突变使缬氨酸变为谷氨酸，G855A突变使天冬氨酸变为天冬酰胺，A1980G突变使异亮氨酸变为缬氨酸。T853A和G855A突变位点经SSCP检测发现3种基因型AA、AB和BB，其频率分别为0.308、0.490和0.202；χ2检验表明该位点处于Hardy-Weinberg平衡；分析该多态性与SCS的关系表明，BB基因型的SCS最小二乘均值极显著低于AB基因型均值（P<0.01），极显著低于AA基因型均值（P<0.0001）；AB基因型的SCS最小二乘均值极显著低于AA基因型均值（P<0.01）。G1793A突变位点经BsiYⅠ酶切产生两种基因型CC和CD，其频率分别为0.332和0.668；C1859A突变位点经BstXⅠ酶切产生两种基因型EE和EF，其频率分别为0.178和0.822；G1934A突变位点经BsiYⅠ酶切产生2种基因型GG和GH，其频率分别为0.356和0.644；A1980G突变位点经BclⅠ酶切产生3种基因型II、IJ和JJ，其频率分别为0.260、0.567和0.173。Χ2检验显示仅A1980G位点处于Hardy-Weinberg平衡；关联分析表明，JJ基因型的SCS最小二乘均值极显著低于IJ基因型均值（P<0.01），极显著低于II基因型均值（P<0.0001）；IJ基因型的SCS最小二乘均值极显著低于II基因型均值（P<0.01）。本研究结果初步表明TLR6基因B和J等位基因是提高奶牛乳房炎抗性的两个潜在DNA标记。