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采用PCR(polymerasechainreaction)-DGGE(denaturinggradientgelelectrophoresis)和16SrDNA技术对深圳南澳的军曹鱼从卵到成鱼一年生长过程中的养殖水体细菌群落和肠道细菌群落的组成进行了研究，聚类分析的结果表明：水体的细菌群落多样性呈现不规则变化，而军曹鱼前肠和后肠肠道细菌群落多样性都经历了由低到高再到低的变化过程。军曹鱼卵、苗和成鱼肠道的细菌以及水体细菌群落的优势种大部分都明显，多在2-5种之间。此外，肠道细菌群落与其养殖水体的细菌群落在组成上有部分相似之处，但肠道样品的细菌群落与水体细菌有很大差别，前肠与后肠的细菌群落也有差别。聚类图上各簇的排列顺序基本反映了各样品在时间上和微生境的毗邻次序和它们的相似程度。本研究改良了肠道细菌总DNA的提取方法，并发现发光弧菌属和梭状芽孢杆菌属是海水鱼类肠道细菌群落的优势种。