肌内脂肪含量(IMF)是影响猪肉品质最关键的因之一。一般认为,IMF越低,肌肉的多汁性、嫩度、风味及总体可接受度越低。IMF的提高能够很好的改善猪肉的感观品质和食用品质,因此,提高IMF已成为当今畜牧业、尤其是遗传育种领域的研究热点。本研究在前期SNP芯片分析的基础上,选择BMPER和FABP2基因作为候选基因,研究其启动子区变异与猪肌内脂肪含量的相关性,并对突变位点的功能进行验证和分析。实验一验证了BMPER基因启动子区两个SNP位点与IMF的相关性。首先通过构建DNA池及BMPER启动子区序列的PCR扩增结合测序分析发现c.-1344 A>C与α-1423 A>G两个SNP位点；采用PCR-SSCP技术对这两个位点进行基因分型,结果显示这两个位点为连锁的单倍型,且在三元杂交外种猪群体中只有AA/AA和GC/GC两种基因型。其次通过对不同基因型个体的BMPER表达水平的分析、与IMF含量的关联分析以及两种单倍型的荧光活性分析结果显示,AAA/AA基因型表达水平和IMF含量都显著高于GC/GC基因型(p<0.05),且AA单倍型启动子活性也显著高于GC单倍型(p<0.01)。实验二采用同样的方法验证了FABP2基因启动子区的SNP位点对IMF以及FABP2表达水平的影响。首先通过构建DNA池作为扩增FABP2调控区序列的模板并结合测序分析发现在FABP2启动子区存在c.-1488C>T, c.-1485G>A, c.-1471T>C, c.-1407T>C, c.-1404A>G 5个 SNP位点,接着对这5个SNP位点扩大样本量进行基因分型,通过Haploview软件对这5个SNP位点的分型结果进行单倍型分析,结果显示这5个SNP位点完全连锁,且主要有CGTTA和TACCG两种单倍型,启动子活性分析显示CGTTA单倍型荧光活性显著高于TACCG单倍型(p<0.01),但CGTTA/CGTTA基因型IMF显著低于TACCG/TACCG基因型(P<0.01)。