自改革开放以来，我国的保税加工和保税物流两种产业类型伴随着经济改革的逐步深化和国家实力的日益强盛取得了长足的发展。入世后，全球经济一体化进程不断深入，为两种产业类型的持续发展创造了良机，但同时也带来了环境资源保护与能源节约要求日益强烈、国际贸易摩擦日趋频繁、国际贸易失衡日趋严重、对外出口结构不合理等一系列问题。2008年美国次贷危机所引发的经济危机和由此导致的外贸困境对我国对外贸易的发展提出了更为严峻的挑战。就当前国内外形势而言，我国海关特殊监管区域的发展整合在加工贸易转型升级的环境背景下迎来了前所未有的机遇和全新的挑战。　　 本文采用文献研究法、比较研究法和访谈法，按照科学概念和理论演绎与实践归纳的逻辑进行论证。从海关特殊监管区域的涵义界定入手，在研究视角上首次把我国保税区、出口加工区、保税物流园区等国内各类海关特殊监管区域界定为统一的“海关特殊监管区域”概念。通过回顾我国海关特殊监管区域的发展阶段和海外自由贸易区的发展情况，在厘清我国各类海关特殊监管区域的内在联系的同时，总结出海外自由贸易区发展的经验和教训。进而，通过深入分析我国海关特殊监管区域的现状，揭示出我国海关特殊监管区域目前存在的问题，并探究了其背后深层次的制度和改革方法上的症结所在。最后，针对上述主要问题，提出了通过建立同时具备保税加工和保税物流两大功能、实行统一的优惠政策和管理措施、充分利用区位优势且在功能上有所侧重的大型综合自由贸易区来实现我国海关特殊监管区域改革的政策建议，并从“存量整合”和“功能叠加”两个角度提出了改革实施的具体措施，以期为建立适应我国外向型经济发展要求的高度整合的特殊监管区域、实现海关兼顾监管与服务的管理理念提供有价值的参考。