进入二十一世纪,随着经济社会的快速发展以及知识经济时代的到来,我国的高等教育事业也取得了长足的发展。特别是高校扩招以来,高校在校生规模实现了跨越式增长,我国等教育进入大众化阶段。到2012年,我国公共财政教育投入占GDP的比重首次突破4%,公共财政资源在高等教育中配置的比例也同步增长,全国普通高等学校经费投入较大幅度增长。但与社会大众对高等教育的需求以及高等教育自身的发展而言,国家公共财政在高等教育中配置仍显不足,高等教育财政性投入压力大,特别是在不同层次、不同区域以及不同举办者的院校之间配置存在着巨大的非均衡格局,表现出我国公共财政资源在高等教育中配置的不公平和低效率问题。基于此,本文立足于公共产品理论、公共选择理论以及公平与效率理论等公共财政介入高等教育的理论基础,从公共财政的视角对我国公共财政资源在高等教育中配置情况进行全方位的透析。在系统梳理公共财政资源在高等教育中配置模式的基础上,从公共财政资源配置的总量、存量以及公平与效率等方面现状进行了实证分析,得出我国当前公共财政资源在高等教育配置中存在的问题,并进一步分析其产生的原因。最后,立足公共财政框架,以公平和效率统一为原则,从思想意识层面、制度环境层面和机制建设层面三个角度入手,提出了完善我国公共财政资源在高等教育中配置的对策建议。