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梨是我国主要的栽培果树,对促进我国经济发展和提高人民的生活品质具有重要的作用。梨黑斑病是梨树主要的病害之一,主要危害梨树叶片、果实和新梢,导致树体衰弱,对梨产业造成严重的经济损失,制约了梨产业的发展。本研究通过对湖北省砂梨主产区和国家果树种质武昌砂梨圃中种质资源的梨黑斑病菌的分离鉴定,研究梨黑斑病的病原学；通过对砂梨种质资源的抗黑斑病鉴定评价,筛选砂梨高抗黑斑病种质；通过对砂梨抗病种质和感病种质的转录组测序分析,鉴定砂梨抗黑斑病候选基因,研究砂梨抗梨黑斑病的防御机理；本研究为梨黑斑病的合理防治及砂梨抗黑斑病的分子育种奠定了理论基础。本文主要研究结果如下：1、对湖北省砂梨主产区和砂梨圃中种质资源的梨黑斑病菌进行分离鉴定,获得梨黑斑病菌单孢474株。根据菌落的颜色深浅程度,将梨黑斑病菌株划分为light grey Telegrau 4、grey Platingrau、light green-brown Betongrau、light green-brown Quarzgrau、dark grey Zeltgrauu和dark brown Betongrau等6种颜色；梨黑斑病菌株的日平均生长速率变异范围为0.4cm/d-1.28cm/d;产孢量变异范围为104-1.01×107cfu/ml;152株菌株接种“金晶梨”、“红粉梨”、“湘南”、“黄金”、“邵通小黄梨”、“丰水”、“翠冠”、“云绿”和“金二十世纪”等9个梨品种共获得108个的致病型：利用ITS, EF1-α,β-tubulinDNA分子标记对50株梨黑斑病菌株进行序列分析,结果表明：侵染湖北省各产区的梨黑斑病的优势菌株为Alternaria alternata (Fr.) keissl,与标准菌株CBS在这三种标记上无显著地差异。2、对国家果树种质武昌砂梨圃中331份砂梨品种进行抗黑斑病人工接种鉴定,筛选出高抗品种9份、抗病品种71份、中抗品种165份、感病品种68份和高感品种18份,这些砂梨抗黑斑病品种的筛选将为梨黑斑病抗性基因的发掘和砂梨抗黑斑病品种选育奠定基础。3、对砂梨高抗黑斑病梨品种“金晶梨”和高感黑斑病梨品种“红粉梨”转录组测序分析获得20.5 Gbp碱基数据和101632565个片段；66%左右的序列成功匹配到梨参考基因组上；检测到44717个基因；筛选出与抗黑斑病相关的5213个差异表达基因；检测到34个微卫星序列和107525可信的SNPs位点；筛选出28个与抗黑斑病相关的基因；与PHI抗病基因数据库的比对,4个基因(Pbr039001, Pbr001627, Pbr025080和Pbr023112)确定为砂梨抗梨黑斑病的候选基因。本研究在转录水平深入挖掘砂梨抗黑斑病相关基因为砂梨抗黑斑病机制的探索和砂梨新基因的发现及功能基因组分析奠定理论基础。