公立医院是保障我国民生工程健康发展的重要参与主体，公立医院补偿机制更是公立医院持续运营、稳健发展的关键所在。一方面，公立医院在政府的委托下，既要保证医疗服务的公平可及，又要保证自身的正常运营，如何设计最优的公立医院补偿机制，使公立医院在成本得到合理补偿的同时有效保障患者的利益是我国公立医院改革的重要环节;另一方面，政府选择不同的医疗保险支付方式会对公立医院产生不同的补偿效果，并直接影响到公立医院为实现经济效益目标和社会效益目标所付出努力的程度，因此研究多目标委托代理下的公立医院补偿机制问题对完善我国公立医院补偿机制具有重要的理论和现实指导意义。　　 本文首先回顾公立医院补偿机制和多目标委托代理的相关理论文献，分析我国公立医院中存在的多目标及其与补偿机制之间的影响关系，深入剖析我国公立医院的补偿问题;其次，通过现场调研、数据收集和典型案例剖析归纳总结我国公立医院现有补偿渠道和补偿方式中存在的问题;然后，结合公立医院中存在的委托代理关系，界定本文研究的委托代理关系为政府与公立医院之间的委托代理，并将公立医院的目标设定为经济效益目标和社会效益目标;通过构建多目标委托代理下我国公立医院补偿机制的基础模型和拓展模型，着重对预付制和后付制两种医疗保险支付制度对公立医院的补偿效果和适用条件进行分析;接着，从多目标委托代理角度构建公立医院最优补偿机制的模型框架;最后在此基础上，分别从政府（委托人）和公立医院（代理人）的角度提出完善我国公立医院补偿机制的对策建议。　　 本论文得出如下结论:第一，政府与公立医院之间存在着委托代理关系，政府通过对公立医院的合理补偿可以促使公立医院更好地为实现其目标而不断努力，多目标委托代理下的公立医院补偿机制可以实现社会总效益最大化的目标;第二，政府（委托人）选择不同的医疗保险支付方式可以直接影响公立医院(代理人)的补偿效果。医疗保险支付方式是解决政府（委托人）与公立医院（代理人）之间目标不一致的重要方法，因此也是公立医院补偿机制改革的突破口;第三，医疗保险支付方式的改革只有与相应的医疗责任制度相配套使用时才能最大地发挥政府对公立医院的指导作用，在医疗保险体系和相关责任制度不断完善的前提下，我国公立医院医疗保险支付方式的改革应当遵循后付制向预付制、单一支付向混合支付的协调转变;第四，公立医院与政府的共同协作是完善我国公立医院补偿机制的重要补充，在宏观层面加强政府规划、微观层面加强医院科学管理，是推动公立医院健康发展和持续经营的重要保障，从而最终实现政府对公立医院补偿的综合效益最大化的目标。